187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_R0077 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_R0077  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.361523 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6020  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  149  1.0000000000000001e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4308  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 90 bp  101  3e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0056  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 90 bp  101  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.189519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0054  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 90 bp  101  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt19  tRNA-Ser  90.12 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00413231 
 
 
-
 
NC_006368  lppt15  tRNA-Ser  87.95 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt15  tRNA-Ser  87.95 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer01  tRNA-Ser  90.79 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.454319  normal  0.359191 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0028  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.208638  hitchhiker  0.00938841 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 91 bp  79.8  0.0000000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0065  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.211097  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0095  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0028  tRNA-Ser  87.84 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000693874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0053  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.163245  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1542  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1785  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1758  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1981  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0001  tRNA-Ser  86.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0044  tRNA-Ser  95.12 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.919429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27960  tRNA-Ser  95 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.251504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0004  tRNA-Ser  95 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000551383  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0046  tRNA-Ser  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0006  tRNA-Ser  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.123019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0007  tRNA-Ser  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  93.18 
 
 		 126 bp  63.9  0.000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0067  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.978703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0048  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11580  tRNA-Ser  95 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00471501  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t09173  tRNA-Ser  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.694457  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0044  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000135641  normal  0.305478 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t21  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0011  tRNA-Ser  85.92 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0710717  normal  0.837706 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0020  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.79696  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0001  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000012386 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0060  tRNA-Ser  84.34 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.100748  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6026  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.045296 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0003  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000308763  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0001  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0062  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2328  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0176305  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2241  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0096  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.127387  normal  0.371674 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0058  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.337917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0059  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0067  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000783692  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0084  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0117481  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0048  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0085  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0945939  normal  0.0146717 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0014  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0936822 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0066  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.758388  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0092  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.742735  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0118  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00112512  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0023  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0034  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.014999  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0033  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.210279  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0097  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0159037  normal  0.0335042 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0105  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0580188  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0045  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0094  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000282706  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0049  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000491375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0140  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0018  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.373457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0068  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000566911  normal  0.0203429 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0059  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000260642  normal  0.0200922 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0023  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00220081 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0050  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0056  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.506019  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1653  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0468  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0015  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00194399  normal  0.157065 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0014  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00196818  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0055  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.953649  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0003  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0058  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0040  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.66072  hitchhiker  0.00010969 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0021  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.926323  normal  0.128677 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0044  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00564577 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0029  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0005  tRNA-Ser  87.04 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.179049 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0003  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000000261436  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0042  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0055  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.362894 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0025  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.217878  normal  0.142788 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0100  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 96 bp  50.1  0.00009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.170842  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0005  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.510995 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6042  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.516287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000309331  unclonable  0.0000000000000213015 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0004  tRNA-Ser  90 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0658061 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0007  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.104175 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0050  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>