245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PGt19 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PGt19  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  174  1.9999999999999998e-42  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00413231 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer01  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 88 bp  147  5e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.454319  normal  0.359191 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0028  tRNA-Ser  96.2 
 
 		 88 bp  133  7.999999999999999e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.208638  hitchhiker  0.00938841 
 
 
-
 
NC_006368  lppt15  tRNA-Ser  89.53 
 
 		 88 bp  99.6  1e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt15  tRNA-Ser  89.53 
 
 		 88 bp  99.6  1e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0046  tRNA-Ser  91.57 
 
 		 85 bp  93.7  7e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0095  tRNA-Ser  89.53 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0065  tRNA-Ser  89.53 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.211097  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  91.8 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.232156  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0077  tRNA-Ser  90.12 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.361523 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6020  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0015  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00194399  normal  0.157065 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Pseudo-1  tRNA-OTHER  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.526537  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0067  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.978703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0048  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 88 bp  69.9  0.00000000009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0023  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00220081 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 91 bp  69.9  0.00000000009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0044  tRNA-Ser  86.08 
 
 		 88 bp  69.9  0.00000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.919429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4308  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0056  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.189519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0054  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1785  tRNA-Ser  85.9 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1542  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1653  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1981  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0053  tRNA-Ser  88.16 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.163245  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1758  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0056  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.506019  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0096  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.127387  normal  0.371674 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0050  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0094  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000282706  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0097  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0159037  normal  0.0335042 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0085  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0945939  normal  0.0146717 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0018  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.373457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0105  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0580188  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0005  tRNA-Ser  92.73 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.179049 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t09173  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.694457  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0068  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000566911  normal  0.0203429 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0001  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0002  tRNA-Ser  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0042  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12770  tRNA-Ser  85.29 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00471501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0007  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0028  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000693874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0043  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0965121  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2241  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2328  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0176305  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.57943  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0048  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0007  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0023  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0034  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.014999  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0033  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.210279  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  89.36 
 
 		 126 bp  54  0.000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0059  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0067  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000783692  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0084  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0117481  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0003  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000308763  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0006  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.121639  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0059  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000260642  normal  0.0200922 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0049  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000491375  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0001  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000012386 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0140  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0066  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.758388  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0092  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.742735  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0118  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00112512  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0001  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0006  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.123019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11580  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00471501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0004  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0055  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.953649  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0044  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000135641  normal  0.305478 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t21  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0075389 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27960  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.251504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0004  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000551383  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Tyr-2  tRNA-Tyr  100 
 
 		 81 bp  50.1  0.00009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.875932  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Tyr-3  tRNA-Tyr  100 
 
 		 81 bp  50.1  0.00009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0058  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.337917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0042  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.713884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0062  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0031  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.110532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0072  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0637954 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0637  tRNA-Tyr  100 
 
 		 81 bp  50.1  0.00009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.000000210414  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0065  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.10378  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0004  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.442962  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  48.1  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.548362  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000326555  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0002  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  48.1  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000899468  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  48.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0055  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.265922  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0657  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  48.1  0.0003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.96086  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0011  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0710717  normal  0.837706 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000716898  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>