87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_R0046 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_R0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0015  tRNA-Ser  95.29 
 
 		 88 bp  137  5e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00194399  normal  0.157065 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0050  tRNA-Ser  91.46 
 
 		 88 bp  107  4e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0056  tRNA-Ser  91.46 
 
 		 88 bp  107  4e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.506019  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0065  tRNA-Ser  91.46 
 
 		 85 bp  107  4e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.211097  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0095  tRNA-Ser  91.46 
 
 		 85 bp  107  4e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0023  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 85 bp  99.6  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00220081 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0048  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 88 bp  99.6  1e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt19  tRNA-Ser  91.57 
 
 		 88 bp  93.7  6e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00413231 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0028  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 88 bp  89.7  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000693874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer01  tRNA-Ser  89.41 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.454319  normal  0.359191 
 
 
-
 
NC_006369  lplt15  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt15  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t09173  tRNA-Ser  86.59 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.694457  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0028  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.208638  hitchhiker  0.00938841 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1542  tRNA-Ser  85.9 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  85.9 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1981  tRNA-Ser  85.9 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1758  tRNA-Ser  85.9 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6020  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0077  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.361523 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R47  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00483032  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0096  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.127387  normal  0.371674 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0085  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0945939  normal  0.0146717 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0094  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000282706  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1445  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000299602  normal  0.74415 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0068  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.639898  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0097  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0159037  normal  0.0335042 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4245  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000123139  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0105  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0580188  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  91.3 
 
 		 126 bp  60  0.00000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0068  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000566911  normal  0.0203429 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0018  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.373457  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0003  tRNA-Ser  87.93 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0067  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.978703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0004  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  58  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0056  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.189519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0054  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4308  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1785  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0042  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0043  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0965121  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0007  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0023  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0140  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0059  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000260642  normal  0.0200922 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0048  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0049  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000491375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0118  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00112512  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0084  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0117481  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0034  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.014999  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0067  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000783692  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0059  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0066  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.758388  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0092  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.742735  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0033  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.210279  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0468  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 92 bp  50.1  0.00008  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0637  tRNA-Tyr  100 
 
 		 81 bp  48.1  0.0003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.000000210414  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Tyr-3  tRNA-Tyr  100 
 
 		 81 bp  48.1  0.0003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2241  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0011  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0710717  normal  0.837706 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0001  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2328  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0176305  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0044  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.990986  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Tyr-2  tRNA-Tyr  100 
 
 		 81 bp  48.1  0.0003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.875932  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0031  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.110532  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0013  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.315866  normal  0.289576 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0042  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.713884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0044  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.919429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1653  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  hitchhiker  0.0000142144  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_R0036  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.122746 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0018  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0006  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.123019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0007  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27960  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.251504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11580  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00471501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0004  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 91 bp  44.1  0.005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000551383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0008  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.323881 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0053  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.163245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0018  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0004  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.442962  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0073  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673451  normal  0.952088 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0039  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>