47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_R0045 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_R0045  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  182  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000102929  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0046  tRNA-Ser  97.65 
 
 		 92 bp  153  8.999999999999999e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000102929  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0031  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 95 bp  129  1.0000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0583145  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0032  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 92 bp  129  1.0000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0576643  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0033  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 92 bp  129  1.0000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000268817  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  89.7  1e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0035  tRNA-Ser  89.86 
 
 		 89 bp  73.8  0.000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387862 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0029  tRNA-Ser  85.51 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0026  tRNA-Ser  85.51 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0056  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.129701  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0055  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.265922  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0056  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.124384  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  84 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  84 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0040  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0044  tRNA-Ser  84.06 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.656811 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0054  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.35196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0049  tRNA-Ser  84.06 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0040  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0721486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0049  tRNA-Ser  84.06 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430745  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0015  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109725  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  84.38 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0013  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.315866  normal  0.289576 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0039  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  82.67 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0067  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.978703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0022  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0055  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.953649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2234  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0029  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0042  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.713884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0048  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0002  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000353165 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0002  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0003  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.642958  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0068  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 94 bp  44.1  0.006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504463 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA5  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0419374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0007  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.12584  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0004  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.442962  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0031  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.110532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0009  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.4364  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0016  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0022  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.155688  normal  0.486263 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0003  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0003  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0002  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0008    91.18 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0798492  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>