139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_R0042 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009484  Acry_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  184  2.0000000000000003e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.810595  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0063  tRNA-Ser  90.32 
 
 		 93 bp  113  8.000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.80963  normal  0.240218 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0038  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 93 bp  89.7  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.125413  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0054  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 95 bp  83.8  0.000000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.6985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0833  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0042  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00852582  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0005  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 95 bp  75.8  0.000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0039    97.5 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0042  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.245676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0039  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0368673  normal  0.0757875 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0038  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0537085  normal  0.0209317 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0040  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA23  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0658425  normal  0.252168 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0023  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.309507  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.505104  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0018  tRNA-Ser  95 
 
 		 94 bp  63.9  0.000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0346344 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0030  tRNA-Ser  95 
 
 		 94 bp  63.9  0.000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0026  tRNA-Ser  90.2 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.548362  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0054  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.365478 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0020  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00000608606  hitchhiker  0.0000000136932 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0633  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.248026  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0051  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.573916  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t15  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0657  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.96086  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t07  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.506644  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0017  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4560  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0913747  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6023  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.44549  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt03  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.038347  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0008  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  8.59905e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0026  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.369996  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0002  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000138039  hitchhiker  0.00000107328 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0057  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0033  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.172474  normal  0.681526 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0058  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481148  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0101  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.174048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0009  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0058  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0526  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0043  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.179868  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_513  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0034  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0056  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0428087  normal  0.775874 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0001  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000514478  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0027  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0058  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0001  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0006  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0041  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.416329 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0006  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000515355  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0117  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000725148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0043  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 86 bp  48.1  0.0004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0032  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 94 bp  48.1  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0075389 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0001  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0052  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t084  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t090  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0036  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.325342  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0019  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000041967  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0036  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000164961  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0040  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588297  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0042  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000792728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0048  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000959117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0043  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000142522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0044  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.11971  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0048  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494223  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52560  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00373165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_R0005  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.196459  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0041  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0047  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000451917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0031  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.981637  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0038  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000174054  normal  0.534316 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0044  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000325542  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0005  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.507885  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0096  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000137453  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0102  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000140281  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0026  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000318313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0031  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000309112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0090  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00126509  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0096  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000162455  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0058  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.645587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0111  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000122567  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0004  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.888303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0048  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000880643  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0054  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000333632  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0057  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000281026  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0114  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000117562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0120  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000721492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0051  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000000406758  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60450  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.287736  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>