138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GWCH70_R0006 on replicon NC_012793
Organism: Geobacillus sp. WCH70



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012793  GWCH70_R0075  tRNA-Ser  100 
 
 
93 bp  184  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0265874  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 
93 bp  184  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000256328  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0085  tRNA-Ser  95.7 
 
 
91 bp  147  5e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0102  tRNA-Ser  89.25 
 
 
93 bp  105  2e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0089  tRNA-Ser  89.25 
 
 
93 bp  105  2e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5642  tRNA-Ser  92 
 
 
93 bp  101  3e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000000296932  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  92 
 
 
96 bp  101  3e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00996229  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0017  tRNA-Ser  92 
 
 
93 bp  101  3e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  92 
 
 
93 bp  101  3e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000002117  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5301  tRNA-Ser  92 
 
 
93 bp  101  3e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000200966  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5621  tRNA-Ser  92 
 
 
93 bp  101  3e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000119043  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0006  tRNA-Ser  92 
 
 
93 bp  101  3e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000423929  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0104  tRNA-Ser  92 
 
 
90 bp  101  3e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00458946  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0128  tRNA-Ser  92 
 
 
93 bp  101  3e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000982441  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0019  tRNA-Ser  92 
 
 
93 bp  101  3e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000851683  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0006  tRNA-Ser  92 
 
 
93 bp  101  3e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00626925  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0570  tRNA-Ser  89.53 
 
 
95 bp  99.6  1e-19  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0003  tRNA-Ser  88.17 
 
 
93 bp  97.6  4e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0982572  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0003  tRNA-Ser  88.17 
 
 
93 bp  97.6  4e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ser-5  tRNA-Ser  90.67 
 
 
96 bp  93.7  7e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.468376  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ser-6  tRNA-Ser  90.67 
 
 
96 bp  93.7  7e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000513839  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ser-5  tRNA-Ser  87.78 
 
 
90 bp  91.7  3e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0051  tRNA-Ser  87.78 
 
 
90 bp  91.7  3e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0051  tRNA-Ser  87.78 
 
 
90 bp  91.7  3e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5698  tRNA-Ser  89.33 
 
 
93 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000355896  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5721  tRNA-Ser  89.33 
 
 
93 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00773154  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  89.33 
 
 
96 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00102171  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  89.33 
 
 
96 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000141022  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  89.33 
 
 
96 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.810758  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  89.33 
 
 
96 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00820764  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ser-5  tRNA-Ser  89.33 
 
 
96 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000171949  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ser-7  tRNA-Ser  89.33 
 
 
93 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000960396  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4992  tRNA-Ser  89.33 
 
 
93 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0789  tRNA-Ser  89.33 
 
 
93 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.7543300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5808  tRNA-Ser  89.33 
 
 
93 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00229715  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4567  tRNA-Ser  89.33 
 
 
93 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000086001  normal  0.0844517 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0223  tRNA-Ser  89.33 
 
 
93 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000840051  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5736  tRNA-Ser  89.33 
 
 
93 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000117454  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5023  tRNA-Ser  89.33 
 
 
93 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000182433  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0864  tRNA-Ser  89.33 
 
 
93 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000094227  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0103  tRNA-Ser  89.33 
 
 
93 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0019084  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0107  tRNA-Ser  89.33 
 
 
93 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000510385  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0108  tRNA-Ser  89.33 
 
 
93 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00019305  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0132  tRNA-Ser  89.33 
 
 
93 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0436825  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  88.3 
 
 
93 bp  83.8  0.000000000000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  88.3 
 
 
93 bp  83.8  0.000000000000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt020  tRNA-Ser  87.21 
 
 
93 bp  83.8  0.000000000000007  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000431607  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0745  tRNA-Ser  87.21 
 
 
93 bp  83.8  0.000000000000007  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0049  tRNA-Ser  88.3 
 
 
93 bp  83.8  0.000000000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0049  tRNA-Ser  88.3 
 
 
93 bp  83.8  0.000000000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.710241  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ser-5  tRNA-Ser  89.06 
 
 
96 bp  71.9  0.00000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0105328  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ser-5  tRNA-Ser  89.06 
 
 
93 bp  71.9  0.00000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000224146  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5697  tRNA-Ser  86.67 
 
 
93 bp  69.9  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000298062  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  86.67 
 
 
96 bp  69.9  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00153665  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ser-6  tRNA-Ser  86.67 
 
 
96 bp  69.9  0.0000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000110758  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  86.67 
 
 
96 bp  69.9  0.0000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00215881  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  86.67 
 
 
93 bp  69.9  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472861  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5735  tRNA-Ser  86.67 
 
 
93 bp  69.9  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000110452  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0788  tRNA-Ser  86.67 
 
 
93 bp  69.9  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.43365e-31 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4568  tRNA-Ser  86.67 
 
 
93 bp  69.9  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000817931  normal  0.113574 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0098  tRNA-Ser  84.27 
 
 
90 bp  65.9  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0863  tRNA-Ser  85.33 
 
 
93 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000999296  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1219  tRNA-Ser  94.74 
 
 
90 bp  60  0.0000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.27897  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0032  tRNA-Ser  94.74 
 
 
90 bp  60  0.0000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0176  tRNA-Ser  94.74 
 
 
90 bp  60  0.0000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.205872  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  91.11 
 
 
90 bp  58  0.0000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.609498  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  91.11 
 
 
90 bp  58  0.0000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.589398  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ser-5  tRNA-Ser  91.11 
 
 
90 bp  58  0.0000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0020  tRNA-Ser  91.11 
 
 
90 bp  58  0.0000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.111386  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1599  tRNA-Ser  91.11 
 
 
91 bp  58  0.0000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000303024  normal  0.398385 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0034  tRNA-Ser  91.11 
 
 
90 bp  58  0.0000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0055  tRNA-Ser  100 
 
 
86 bp  58  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.362894 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11580  tRNA-Ser  100 
 
 
93 bp  52  0.00002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00471501  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27960  tRNA-Ser  100 
 
 
93 bp  52  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.251504  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0050  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  52  0.00002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000551383  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0036  tRNA-Ser  91.11 
 
 
88 bp  52  0.00002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 
92 bp  52  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.455185 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0046  tRNA-Ser  100 
 
 
88 bp  52  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0004  tRNA-Ser  96.55 
 
 
88 bp  50.1  0.00009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0030  tRNA-Ser  100 
 
 
94 bp  50.1  0.00009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0044  tRNA-Ser  96.55 
 
 
88 bp  50.1  0.00009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.919429  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0028  tRNA-Ser  96.55 
 
 
88 bp  50.1  0.00009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.208638  hitchhiker  0.00938841 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0530  tRNA-Ser  96.55 
 
 
88 bp  50.1  0.00009  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.159007  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0087  tRNA-Ser  88.89 
 
 
90 bp  50.1  0.00009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0054  tRNA-Ser  96.55 
 
 
95 bp  50.1  0.00009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.6985  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0007  tRNA-Ser  96.55 
 
 
92 bp  50.1  0.00009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000441599  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0043  tRNA-Ser  93.75 
 
 
94 bp  48.1  0.0004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R16  tRNA-Ser  84.38 
 
 
91 bp  48.1  0.0004  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  46.1  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.117408  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  96.15 
 
 
92 bp  44.1  0.006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.110057  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t28  tRNA-Met  100 
 
 
74 bp  44.1  0.006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t084  tRNA-Ser  96.15 
 
 
92 bp  44.1  0.006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t090  tRNA-Ser  96.15 
 
 
92 bp  44.1  0.006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0042  tRNA-Ser  96.15 
 
 
92 bp  44.1  0.006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000792728  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0044  tRNA-Ser  96.15 
 
 
92 bp  44.1  0.006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.11971  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0048  tRNA-Ser  96.15 
 
 
92 bp  44.1  0.006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494223  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0001  tRNA-Ser  96.15 
 
 
90 bp  44.1  0.006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00401168  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0041  tRNA-Ser  96.15 
 
 
92 bp  44.1  0.006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191859  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0047  tRNA-Ser  96.15 
 
 
92 bp  44.1  0.006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000451917  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>