238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_R0023 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013946  Mrub_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  182  1e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.455185 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0033  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.374525 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0050  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0037  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0020  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.79696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0038  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00055942 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0021  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0015  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00859623  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6026  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 89 bp  60  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.045296 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11580  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00471501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0039  tRNA-Ser  89.8 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000174136  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000551383  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27960  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.251504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.117408  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0014  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 92 bp  56  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0030  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  56  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0019  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000041967  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0120  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000721492  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t084  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t090  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0054  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 95 bp  54  0.000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.6985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0047  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.740816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0039    94.29 
 
 		 94 bp  54  0.000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0057  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000281026  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0114  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000117562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0026  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.369996  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0030  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 94 bp  54  0.000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0042  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 94 bp  54  0.000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.245676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t025  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000628867  hitchhiker  0.000000193085 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0039  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 94 bp  54  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0368673  normal  0.0757875 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0036  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000164961  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0040  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588297  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0054  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000333632  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0038  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 94 bp  54  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0537085  normal  0.0209317 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0040  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 94 bp  54  0.000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0048  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000880643  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0050  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.850223 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0042  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000792728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0048  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000959117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0043  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000142522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0049  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000282544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0111  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000122567  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0044  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.11971  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0048  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494223  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0105  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000566393  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA23  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 94 bp  54  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0658425  normal  0.252168 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0053  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.163245  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0041  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0047  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000451917  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t018  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000138338  hitchhiker  0.0000000303397 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0038  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000174054  normal  0.534316 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0044  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000325542  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0023  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 94 bp  54  0.000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.309507  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0096  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000137453  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0102  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000140281  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0018  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 94 bp  54  0.000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0346344 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0026  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000318313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0031  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000309112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0090  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00126509  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0096  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000162455  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.110057  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0085  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0089  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000256328  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0102  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0045  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000150485  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0075  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0265874  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0055  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.362894 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1169  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000109978  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0038  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00032  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000331013  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0043  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0020807  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0041  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000614795  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60240  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.268246  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2165  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00542927  normal  0.154256 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0043  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0613926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0008  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.1071  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5040  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4672  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000507057  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2818  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000985587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0056  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000134198  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1149  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000101348  hitchhiker  0.0000000000000214207 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0048  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00171886  normal  0.292826 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 95 bp  50.1  0.00009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0969  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000352025  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2218  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00379666  normal  0.543792 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0043  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2065  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000178932  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2161  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000713726  normal  0.978327 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0003  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0135552  hitchhiker  0.000657506 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0052  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.258568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0008  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0046  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000000399504  normal  0.588063 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2302  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0031267  hitchhiker  2.33425e-18 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0004  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000214233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0053  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000556956  hitchhiker  0.00693696 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0025  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.112044  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>