133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_R0017 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_R0017  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  182  1e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000565076  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0062  tRNA-Ser  86.49 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.633699 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0064  tRNA-Ser  86.49 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0017  tRNA-Ser  90.38 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0015  tRNA-Ser  90.38 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0008  tRNA-Ser  90.38 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.289156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0016  tRNA-Ser  90.38 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.266045  normal  0.745909 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0025  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.217878  normal  0.142788 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6042  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.516287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0014  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.359735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4596  tRNA-Ser  85.14 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07713  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0023  tRNA-Ser  90.2 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.137885 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0052  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.258568  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0022  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 95 bp  50.1  0.00009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0008  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0032  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 95 bp  50.1  0.00009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0052  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4314  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.650713  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0017  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576804  normal  0.691356 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109725  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0075  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0725432  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0017  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00284743  normal  0.30406 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0106  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.750224  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3166t  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.197881  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0033  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0034  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.355586  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna37  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0001  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0032  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0017  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0035  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.802654  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0041  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.589584  normal  0.364354 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0024  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0047  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.327618  normal  0.0398256 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0012  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.331277  normal  0.288607 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0092  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.2204  hitchhiker  0.0044365 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0048  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0101109  normal  0.0876341 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0049  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0044  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0213479 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2774  tRNA-Ser  83.78 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.12292  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00024  tRNA-Ser  84.06 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0053  tRNA-Ser  84.06 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000297179  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA35  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.189455  normal  0.46537 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0034  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0041  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    87.76 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1941  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R29  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.274063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0070  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.399314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2014  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0295784  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0015  tRNA-Ser  87.76 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1096  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  87.76 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  87.76 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0059  tRNA-Ser  87.76 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00925485  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0062  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0060  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0785  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0047  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0212707  normal  0.0426305 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1078  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0381421  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0631  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.985518  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0533  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2051  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244521  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0042  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.121503  normal  0.0171671 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA6  tRNA-Ser  87.76 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5025  tRNA-Ser  84.06 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000128113  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5027  tRNA-Ser  84.06 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0024  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.220366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2101  tRNA-Ser  84.06 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.995337 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2238  tRNA-Ser  84.06 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0062  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0062  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2776  tRNA-Ser  84.06 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00819778  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0029  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.467256 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0011  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 96 bp  44.1  0.006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000117466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0983  tRNA-Ser  84.06 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.55277  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>