143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HY04AAS1_R0052 on replicon NC_011126
Organism: Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011126  HY04AAS1_R0052  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  182  1e-44  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309285  tRNA-Ser  95.12 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0038  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.125413  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0008  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.117408  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t07  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.506644  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4560  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0913747  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0011  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0060178  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0010  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.600875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0033  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.172474  normal  0.681526 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0448  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.359663  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0063  tRNA-Ser  83.87 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.80963  normal  0.240218 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0010  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.710813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0633  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.248026  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0010  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.999563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0051  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.573916  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0068  tRNA-Ser  82.98 
 
 		 94 bp  54  0.000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504463 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.217878  normal  0.142788 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0024  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.107228  normal  0.17939 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309260  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309375  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.748623  hitchhiker  0.000994808 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6042  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.516287  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07713  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.86368  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0120  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000721492  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t084  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t090  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt18  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt19  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0020  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.565194  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0039  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.194122  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0010  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.216172  normal  0.054895 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0017  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000565076  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0054  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0038  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0035  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135088  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0039  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151181 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0019  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000041967  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0036  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000164961  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0040  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588297  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0044  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.134546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0042  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000792728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0048  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000959117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0043  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000142522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0049  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000282544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0044  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.11971  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0048  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494223  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52560  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00373165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0041  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0047  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000451917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0038  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000174054  normal  0.534316 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0044  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000325542  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309071  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNASerVIMSS1309122  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNASerVIMSS1309189  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0019  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0096  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000137453  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0102  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000140281  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNASerVIMSS1309147  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0026  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000318313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0031  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000309112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0114  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000117562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0090  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00126509  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0096  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000162455  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0058  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.645587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0043  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.710531 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4609  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0105  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000566393  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0111  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000122567  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0048  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000880643  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0054  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000333632  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0057  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000281026  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309365  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6023  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t025  tRNA-Ser  90 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000628867  hitchhiker  0.000000193085 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0039  tRNA-Ser  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000237052  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t018  tRNA-Ser  90 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000138338  hitchhiker  0.0000000303397 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0006  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000515355  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0057  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 97 bp  48.1  0.0004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000328562  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0005  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.087026  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4314  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.650713  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0014  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0024  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0011  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.000337805  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309091  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNASerVIMSS1309106  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNASerVIMSS1309205  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.98258  normal  0.324955 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0056  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00413677  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>