272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_R0003 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007204  Psyc_R0003  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0135552  hitchhiker  0.000657506 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000214233  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  92.94 
 
 		 91 bp  113  7.000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0021  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  111  3e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00559548  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0008  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000307717  hitchhiker  0.0000000040984 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0053  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000556956  hitchhiker  0.00693696 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0075  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000781608  hitchhiker  0.00063206 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna107  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000883231  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0076  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  67.9  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000654825  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4233  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t28  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0189168  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA35  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.189455  normal  0.46537 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0055  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0044  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0040  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0022  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.058085  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0051  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00319398  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000174136  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0049  tRNA-Ser  85.53 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.694922  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03505  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03508  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0060  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0078  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000727042  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna105  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000135439  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2453  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0054  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000379646  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0059  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00206074  hitchhiker  0.00144451 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0897  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 95 bp  58  0.0000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000417881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0019  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000041967  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4271  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 95 bp  58  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  9.700030000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4234  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0023  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3130t  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3128t  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0057  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000281026  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0111  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000122567  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t084  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t090  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0048  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000880643  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t025  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000628867  hitchhiker  0.000000193085 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0105  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000566393  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0090  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00126509  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0102  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000140281  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0031  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000309112  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0027  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000624593  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0024  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0072  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00236568  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0036  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000164961  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0040  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588297  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0025  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00144133  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0026  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000318313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0096  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000137453  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0021  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.724963  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.112044  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0054  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000333632  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0120  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000721492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0114  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000117562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0042  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000792728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0048  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000959117  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60240  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.268246  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0043  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000142522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0049  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000282544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0044  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.11971  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0048  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494223  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0041  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0047  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000451917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0096  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000162455  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0038  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000174054  normal  0.534316 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0044  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000325542  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t018  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000138338  hitchhiker  0.0000000303397 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0006  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0008  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0006  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0006  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0041  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0195063  normal  0.685776 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0082  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0063  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0394171  normal  0.40754 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0203  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.829329  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0064  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000000759704  normal  0.0478316 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0021  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.753643 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0043  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00175988  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0025  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0018  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.836687 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0056  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000134198  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R29  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.274063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0041  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000614795  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0007  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0166763  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0010  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.999563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0049  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.53957 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0048  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>