266 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_R0056 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011830  Dhaf_R0056  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000134198  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000614795  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0039  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0002  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0043  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 93 bp  77.8  0.0000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000118785  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0084  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 93 bp  77.8  0.0000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.242329  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0055  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 93 bp  77.8  0.0000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0091  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 93 bp  77.8  0.0000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0569  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0043  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000333632  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0120  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000721492  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t084  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t090  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0090  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00126509  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0111  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000122567  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0096  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000137453  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t025  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000628867  hitchhiker  0.000000193085 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000318313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0096  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000162455  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0057  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000281026  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0048  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000880643  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0105  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000566393  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0019  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000041967  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0036  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000164961  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0040  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588297  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t018  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000138338  hitchhiker  0.0000000303397 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0102  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000140281  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000309112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000792728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0048  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000959117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000142522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0049  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000282544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.11971  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0048  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494223  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0114  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000117562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0047  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000451917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000174054  normal  0.534316 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000325542  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0051  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000993594  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  54  0.000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0035  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.168355  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  88.89 
 
 		 126 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0009  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178185  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0002  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000920223  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0054  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.365478 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0011  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04528  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0104134  normal  0.589043 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0046  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.574265  normal  0.350655 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0051  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000000406758  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0776  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0954361  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0027  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.113277  normal  0.196545 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA35  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.189455  normal  0.46537 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0003  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0135552  hitchhiker  0.000657506 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0066  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00121253  normal  0.381565 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3162  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.635575  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0009  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00103518  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0008  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000307717  hitchhiker  0.0000000040984 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0025  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2675  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2538  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.536937  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA23  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0658425  normal  0.252168 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t17  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0039  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000174136  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0014  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1946  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0075  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000781608  hitchhiker  0.00063206 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0042  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.245676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0010  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0597346  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0010  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.999563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0039  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0368673  normal  0.0757875 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0032  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0046  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000960989  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0056  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0268608  normal  0.036349 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0038  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0537085  normal  0.0209317 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1426  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0006  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 96 bp  50.1  0.00009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0059  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.102937  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0057  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.701853  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0050  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0033  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.985807  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>