231 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_R0042 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009513  Lreu_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  174  1.9999999999999998e-42  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0025  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 89 bp  111  3e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000000260292  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0026  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 89 bp  111  3e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000019004  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5657  tRNA-Ser  90.59 
 
 		 91 bp  105  2e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000573989  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5712  tRNA-Ser  90.59 
 
 		 91 bp  105  2e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.449499  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  90.59 
 
 		 94 bp  105  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0135574  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ser-7  tRNA-Ser  90.59 
 
 		 94 bp  105  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000000210978  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  90.59 
 
 		 94 bp  105  2e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000833602  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ser-7  tRNA-Ser  90.59 
 
 		 94 bp  105  2e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  90.59 
 
 		 94 bp  105  2e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000756645  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  90.59 
 
 		 94 bp  105  2e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000310916  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0123  tRNA-Ser  90.59 
 
 		 91 bp  105  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.873208  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4983  tRNA-Ser  90.59 
 
 		 93 bp  105  2e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0232  tRNA-Ser  90.59 
 
 		 93 bp  105  2e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00209644  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0292  tRNA-Ser  90.59 
 
 		 93 bp  105  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000690244  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  90.59 
 
 		 91 bp  105  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000473356  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ser-6  tRNA-Ser  90.59 
 
 		 91 bp  105  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.104263  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5799  tRNA-Ser  90.59 
 
 		 93 bp  105  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0081474  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5014  tRNA-Ser  90.59 
 
 		 93 bp  105  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0231487  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0270  tRNA-Ser  90.59 
 
 		 93 bp  105  2e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  93.42 
 
 		 89 bp  103  7e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0043  tRNA-Ser  89.41 
 
 		 91 bp  97.6  4e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000139258  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5664  tRNA-Ser  89.41 
 
 		 93 bp  97.6  4e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000954474  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5052  tRNA-Ser  89.41 
 
 		 93 bp  97.6  4e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000183863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0001  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 88 bp  95.6  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0533171  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0023  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 94 bp  89.7  1e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0011  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1914  tRNA-Ser  89.89 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1567  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1602  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.841854 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0020  tRNA-Ser  87.18 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0017  tRNA-Ser  87.18 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0020  tRNA-Ser  87.18 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0119  tRNA-Ser  85.88 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.127343  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0043  tRNA-Ser  85.88 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000240957  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0017  tRNA-Ser  91.07 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1213  tRNA-Ser  95 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.645556  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000614795  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0056  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000134198  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  54  0.000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0096  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000162455  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t084  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t090  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0057  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000281026  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0090  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00126509  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t018  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000138338  hitchhiker  0.0000000303397 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000309112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0111  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000122567  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000333632  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000318313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0105  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000566393  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0019  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000041967  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0036  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000164961  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0040  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588297  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0048  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000880643  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000792728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0048  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000959117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000142522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0049  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000282544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0102  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000140281  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.11971  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0048  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494223  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0120  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000721492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0047  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000451917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000174054  normal  0.534316 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000325542  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t025  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000628867  hitchhiker  0.000000193085 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0114  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000117562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0096  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000137453  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0035  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.168355  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0007  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0053  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.163245  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0002  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000920223  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0009  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178185  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t28  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0189168  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0058  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000154227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2675  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0067  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198347  normal  0.511867 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0014  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0833  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0039  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0368673  normal  0.0757875 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0032  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0046  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000960989  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0038  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0537085  normal  0.0209317 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000214233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0053  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  44.1  0.005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000556956  hitchhiker  0.00693696 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0014  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000010946  hitchhiker  0.00318065 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0018  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.648957  normal  0.166576 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0091  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0220813  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0008  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.117408  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0056  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309071  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>