275 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_R0043 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  186  6e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0002  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 92 bp  97.6  5e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0055  tRNA-Ser  88.54 
 
 		 93 bp  83.8  0.000000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0084  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.242329  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0091  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0043  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000118785  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0569  tRNA-Ser  91.8 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0011  tRNA-Ser  93.88 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  87.14 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0002  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000920223  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0056  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000134198  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0041  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000614795  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0090  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00126509  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0114  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000117562  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t084  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t090  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0105  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000566393  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0048  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000880643  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000333632  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0120  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000721492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0096  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000162455  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0111  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000122567  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000309112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t025  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000628867  hitchhiker  0.000000193085 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0019  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000041967  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0036  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000164961  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0040  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588297  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0096  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000137453  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t018  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000138338  hitchhiker  0.0000000303397 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0102  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000140281  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000325542  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000792728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0048  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000959117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000142522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0049  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000282544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.11971  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0048  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494223  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000318313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000174054  normal  0.534316 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0047  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000451917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0057  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000281026  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0039  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0119  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.127343  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0043  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000240957  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0009  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178185  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0023  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0035  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.168355  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1213  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.645556  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1567  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1602  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.841854 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0046  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.574265  normal  0.350655 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2153  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t28  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0189168  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA35  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.189455  normal  0.46537 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0003  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0135552  hitchhiker  0.000657506 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0066  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00121253  normal  0.381565 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0009  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00103518  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0025  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0010  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.999563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2675  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1426  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2590  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3162  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.635575  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 95 bp  50.1  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA23  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0658425  normal  0.252168 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t17  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.0001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0008  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000307717  hitchhiker  0.0000000040984 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0039  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.0001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000174136  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.0001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0014  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1946  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0042  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.245676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0010  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0597346  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0039  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0368673  normal  0.0757875 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.0001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0032  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0046  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000960989  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0057  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.0001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0075  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.0001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000781608  hitchhiker  0.00063206 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0056  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0268608  normal  0.036349 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0076  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000654825  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0006  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 96 bp  50.1  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0059  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.102937  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0057  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.701853  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>