195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_R0021 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_R0021  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000166714  normal  0.0117064 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0021  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0171602  hitchhiker  0.000301734 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0049  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00105958  hitchhiker  0.000875041 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0028  tRNA-Ala  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.139647  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0028  tRNA-Ala  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.408156  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00002  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00307219  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00060  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0512928  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00072  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00919512  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0005  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00430225  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0076  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000601074  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0101  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00826965  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0089  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000026686  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0215  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00974156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4376  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000605236  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0096  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.153982  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0093  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00363313  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4220  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00471797  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60010  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0174711  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0293  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000102262  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0007  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00023262  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0018  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4599  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000253863  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0014  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.117309  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0290  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0570234  normal  0.459614 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3572  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000440761  normal  0.421667 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4316  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0676327  normal  0.201068 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4463  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0383227  hitchhiker  0.000721732 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5005  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000268142  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4269  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00650641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4122  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000949102  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4715  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000490534  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08590  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000156389 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55634  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.269014 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62070  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0493865 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70890  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.419729 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5292  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000452405  normal  0.257864 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4376  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.221673  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60390  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0878847  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0003  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.548376  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0017  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523994  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60350  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.094178  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0050  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0108182  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5093  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000403795  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0197  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000401396  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5076  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000555714  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4703  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000422544  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0118  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000597046  hitchhiker  0.0000576629 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0006  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0023212  hitchhiker  0.00319916 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0024  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000443957  unclonable  0.00000686591 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0052  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0311944  normal  0.790944 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4345  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0446638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4642  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000860884  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0010  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0704322  hitchhiker  0.00208971 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0036  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000936293  normal  0.188106 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0072  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000523195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0080  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00204855  normal  0.185983 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0007  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00495936  normal  0.0650768 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0214  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000452405  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4540  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0026423  hitchhiker  0.00000000000427901 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0274  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.119216  normal  0.944216 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0274  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00335921  normal  0.424376 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4459  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00362002  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60560  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0012077  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60170  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000756055  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60100  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.386359  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0008  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000639755  hitchhiker  0.000460021 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0013  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00682305  normal  0.0131839 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0095  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0130404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0813  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465063  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4844  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054319  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5401  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0384247  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6151  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.140064  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0078  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.11705  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0011  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0436248  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4197  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0213106  normal  0.765485 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0279  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.106788  normal  0.58807 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1799  tRNA-Ala  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  3.53202e-16 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1805  tRNA-Ala  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000574761 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0029  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0034  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.151795  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0055  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.882837  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0029  tRNA-Ala  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0787973  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2238  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0020  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0169  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0182  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0410  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1783  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0153  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0507  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0352051  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1705  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1712  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0077  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.329264  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2157  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2188  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2231  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>