67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Syncc9902_R0016 on replicon NC_007513
Organism: Synechococcus sp. CC9902



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007513  Syncc9902_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.116346  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0035  tRNA-Ser  90.8 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  90.79 
 
 		 90 bp  95.6  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0037  tRNA-Ser  90.79 
 
 		 90 bp  95.6  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0421417 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 90 bp  93.7  6e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309262  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNASerVIMSS1309109  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.701033  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0019  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309077  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.537864  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNASerVIMSS1309153  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0023  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0350169 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0020  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.178349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0046  tRNA-Ser  88.16 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557666 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0031  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.52176  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0012  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.591659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4306  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309348  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00366383 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0070  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNASerVIMSS1309197  tRNA-Ser  86.84 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.159743  normal  0.113678 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0055  tRNA-Ser  86.84 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.983952 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0002  tRNA-Ser  86.84 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  87.32 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0024  tRNA-Ser  85.9 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.771773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0015  tRNA-Ser  87.3 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.369834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0020  tRNA-Ser  85.92 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0294133 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0030  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.993805 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0027  tRNA-Ser  86.15 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0060  tRNA-Ser  84.21 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.276036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0059  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0072  tRNA-Ser  84.21 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.789725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0062  tRNA-Ser  84.21 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.2408  normal  0.378741 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0026  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0065  tRNA-Ser  84.21 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0085  tRNA-Ser  84.21 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3020  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.419002  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3054  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1969  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.156913  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1581  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.151315  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2954  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876099  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2643  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0810  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0309716  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0029  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0013  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0021  tRNA-Ser  84.29 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.846979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0002  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000138039  hitchhiker  0.00000107328 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0026  tRNA-Ser  90 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.580647  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0001  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000971993  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0010  tRNA-Ser  90 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0027  tRNA-Ser  90 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.896039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  82.89 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0414  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0042  tRNA-Ser  84.21 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    82.89 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  82.89 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0001  tRNA-Ser  84.21 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0468  tRNA-Ser  81.61 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0037  tRNA-Ser  81.61 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0067  tRNA-Ser  81.61 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.978703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0011  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0710717  normal  0.837706 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0020  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000279597  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0020  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474391  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0056  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.300802  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0063  tRNA-Ser  87.93 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.874124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0016  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25212  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>