299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_R0027 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008254  Meso_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  178  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0037  tRNA-Ser  92.77 
 
 
90 bp  117  5e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0421417 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  92.77 
 
 
90 bp  117  5e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  91.11 
 
 
90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0020  tRNA-Ser  94.44 
 
 
90 bp  111  3e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0294133 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  90 
 
 
90 bp  107  4e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0072  tRNA-Ser  90.36 
 
 
90 bp  101  3e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.789725  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt03  tRNA-Ser  90.36 
 
 
90 bp  101  3e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.038347  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0046  tRNA-Ser  90.36 
 
 
90 bp  101  3e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.557666 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0043  tRNA-Ser  90.36 
 
 
90 bp  101  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0060  tRNA-Ser  90.36 
 
 
90 bp  101  3e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.276036  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0062  tRNA-Ser  90.36 
 
 
90 bp  101  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.2408  normal  0.378741 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0065  tRNA-Ser  90.36 
 
 
90 bp  101  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0085  tRNA-Ser  90.36 
 
 
90 bp  101  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0526  tRNA-Ser  90.36 
 
 
92 bp  101  3e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  88.89 
 
 
90 bp  99.6  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0078  tRNA-Ser  90.24 
 
 
90 bp  99.6  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.412983 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0024  tRNA-Ser  91.67 
 
 
90 bp  95.6  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.771773  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    89.16 
 
 
90 bp  93.7  7e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  89.16 
 
 
90 bp  93.7  7e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  89.16 
 
 
90 bp  93.7  7e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  89.16 
 
 
90 bp  93.7  7e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0055  tRNA-Ser  89.16 
 
 
90 bp  93.7  7e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.983952 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  87.78 
 
 
90 bp  91.7  3e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  87.78 
 
 
90 bp  91.7  3e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0021  tRNA-Ser  90.28 
 
 
90 bp  87.7  4e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.846979  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0031  tRNA-Ser  90.28 
 
 
90 bp  87.7  4e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.52176  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0012  tRNA-Ser  90.28 
 
 
90 bp  87.7  4e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.591659  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  90.28 
 
 
90 bp  87.7  4e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  87.95 
 
 
90 bp  85.7  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0008  tRNA-Ser  87.36 
 
 
87 bp  85.7  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0909337  hitchhiker  0.00840657 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0001  tRNA-Ser  89.19 
 
 
91 bp  83.8  0.000000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  97.83 
 
 
90 bp  83.8  0.000000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0063  tRNA-Ser  88.89 
 
 
88 bp  83.8  0.000000000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.874124  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0005  tRNA-Ser  86.36 
 
 
90 bp  79.8  0.0000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.507885  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0020  tRNA-Ser  88.89 
 
 
90 bp  79.8  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.178349  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0023  tRNA-Ser  88.89 
 
 
90 bp  79.8  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0350169 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0013  tRNA-Ser  86.21 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0035  tRNA-Ser  100 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.181882  normal  0.666229 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 
88 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0042  tRNA-Ser  86.81 
 
 
91 bp  77.8  0.0000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 
88 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0851644  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0016  tRNA-Ser  87.84 
 
 
91 bp  75.8  0.000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0019  tRNA-Ser  87.84 
 
 
91 bp  75.8  0.000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0016  tRNA-Ser  87.84 
 
 
91 bp  75.8  0.000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0019  tRNA-Ser  87.84 
 
 
91 bp  75.8  0.000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00023  tRNA-Ser  97.44 
 
 
88 bp  69.9  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.115823  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0052  tRNA-Ser  97.44 
 
 
88 bp  69.9  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000218477  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4663  tRNA-Ser  97.44 
 
 
90 bp  69.9  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000383735  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1128  tRNA-Ser  97.44 
 
 
90 bp  69.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  8.93394e-25 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0042  tRNA-Ser  97.44 
 
 
88 bp  69.9  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.760649  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1195  tRNA-Ser  97.44 
 
 
90 bp  69.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0065  tRNA-Ser  97.44 
 
 
88 bp  69.9  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0269499  hitchhiker  0.0000672663 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2147  tRNA-Ser  97.44 
 
 
90 bp  69.9  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0226086  normal  0.478396 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1150  tRNA-Ser  97.44 
 
 
90 bp  69.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.14508  normal  0.321314 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1162  tRNA-Ser  97.44 
 
 
90 bp  69.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.520358 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0040  tRNA-Ser  85.54 
 
 
90 bp  69.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.386167  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0064  tRNA-Ser  97.44 
 
 
90 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0041  tRNA-Ser  97.44 
 
 
88 bp  69.9  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.985035  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1045  tRNA-Ser  97.44 
 
 
90 bp  69.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.395551  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1206  tRNA-Ser  97.44 
 
 
90 bp  69.9  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0045  tRNA-Ser  95.35 
 
 
93 bp  69.9  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.331692  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2775  tRNA-Ser  97.44 
 
 
90 bp  69.9  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0559618  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0045  tRNA-Ser  97.44 
 
 
90 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103835  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5026  tRNA-Ser  97.44 
 
 
88 bp  69.9  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000747875  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t031  tRNA-Ser  92 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t032  tRNA-Ser  92 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t044  tRNA-Ser  92 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0082  tRNA-Ser  92 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00228786  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0055  tRNA-Ser  84.44 
 
 
90 bp  67.9  0.0000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.953649  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0071  tRNA-Ser  92 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000718864  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0070  tRNA-Ser  92 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000322089  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0004  tRNA-Ser  84.44 
 
 
90 bp  67.9  0.0000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0081  tRNA-Ser  92 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.147278  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0040  tRNA-Ser  97.37 
 
 
88 bp  67.9  0.0000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000505544  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0040  tRNA-Ser  92 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0094275  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0062  tRNA-Ser  92 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00255663  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0060  tRNA-Ser  92 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0041  tRNA-Ser  92 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00826938  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0072  tRNA-Ser  92 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0140823  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0060  tRNA-Ser  93.48 
 
 
90 bp  67.9  0.0000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.100748  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0080  tRNA-Ser  92 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.247761  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0062  tRNA-Ser  92 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000500445  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0051  tRNA-Ser  93.48 
 
 
88 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0080  tRNA-Ser  92 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000427026  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0081  tRNA-Ser  92 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000367206  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0091  tRNA-Ser  92 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00307776  normal  0.28235 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0080  tRNA-Ser  92 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000011536  normal  0.292608 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0081  tRNA-Ser  92 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000139666  normal  0.289592 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0099  tRNA-Ser  92 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.70942  hitchhiker  0.000224903 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0072  tRNA-Ser  92 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000100373  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0077  tRNA-Ser  92 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000799433  normal  0.199277 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0078  tRNA-Ser  92 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000673855  normal  0.197197 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0088  tRNA-Ser  92 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00139579  hitchhiker  0.0000269185 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0059  tRNA-Ser  92 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000119289  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0060  tRNA-Ser  92 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000594401  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0060  tRNA-Ser  92 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0407433  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0044  tRNA-Ser  92 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00391672  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0061  tRNA-Ser  92 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00295875  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t059  tRNA-Ser  91.84 
 
 
91 bp  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191448  hitchhiker  0.0000692537 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>