253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_R0029 on replicon NC_011369
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_6557  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  178  1e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.209709  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.578587  hitchhiker  0.00382784 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0029  tRNA-Ser  98.89 
 
 
90 bp  170  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0695798 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0021  tRNA-Ser  93.33 
 
 
90 bp  131  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.846979  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  93.75 
 
 
90 bp  119  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt03  tRNA-Ser  91.11 
 
 
90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.038347  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0526  tRNA-Ser  91.11 
 
 
92 bp  115  2.0000000000000002e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  92.5 
 
 
90 bp  111  3e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0030  tRNA-Ser  90 
 
 
90 bp  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.993805 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    88.89 
 
 
90 bp  99.6  1e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  88.89 
 
 
90 bp  99.6  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  88.89 
 
 
90 bp  99.6  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0020  tRNA-Ser  88.89 
 
 
90 bp  99.6  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.178349  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0023  tRNA-Ser  88.89 
 
 
90 bp  99.6  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0350169 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0011  tRNA-Ser  93.75 
 
 
90 bp  95.6  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0710717  normal  0.837706 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  87.78 
 
 
90 bp  91.7  3e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0043  tRNA-Ser  87.78 
 
 
90 bp  91.7  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0037  tRNA-Ser  87.78 
 
 
90 bp  91.7  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0421417 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  87.78 
 
 
90 bp  91.7  3e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0078  tRNA-Ser  87.64 
 
 
90 bp  89.7  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.412983 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0016  tRNA-Ser  92.06 
 
 
91 bp  85.7  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0019  tRNA-Ser  92.06 
 
 
91 bp  85.7  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0016  tRNA-Ser  92.06 
 
 
91 bp  85.7  0.000000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0019  tRNA-Ser  92.06 
 
 
91 bp  85.7  0.000000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0060  tRNA-Ser  86.67 
 
 
90 bp  83.8  0.000000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.276036  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0062  tRNA-Ser  86.67 
 
 
90 bp  83.8  0.000000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.2408  normal  0.378741 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0072  tRNA-Ser  86.67 
 
 
90 bp  83.8  0.000000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.789725  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0085  tRNA-Ser  86.67 
 
 
90 bp  83.8  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0040  tRNA-Ser  86.67 
 
 
90 bp  83.8  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.386167  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0065  tRNA-Ser  86.67 
 
 
90 bp  83.8  0.000000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0020  tRNA-Ser  85.56 
 
 
90 bp  75.8  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0294133 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0055  tRNA-Ser  85.56 
 
 
90 bp  75.8  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.983952 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  88.57 
 
 
90 bp  75.8  0.000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0006  tRNA-Ser  86.25 
 
 
90 bp  71.9  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0001  tRNA-Ser  97.37 
 
 
89 bp  67.9  0.0000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000514478  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0046  tRNA-Ser  97.37 
 
 
90 bp  67.9  0.0000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.557666 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0027  tRNA-Ser  86.67 
 
 
88 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0851644  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0027  tRNA-Ser  86.67 
 
 
88 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0027  tRNA-Ser  86.96 
 
 
90 bp  65.9  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0047  tRNA-Ser  90.38 
 
 
90 bp  63.9  0.000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.740816  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  85 
 
 
90 bp  63.9  0.000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0064  tRNA-Ser  97.22 
 
 
90 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0051  tRNA-Ser  97.22 
 
 
88 bp  63.9  0.000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0045  tRNA-Ser  97.22 
 
 
90 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103835  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0035  tRNA-Ser  86.21 
 
 
85 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.181882  normal  0.666229 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  85.56 
 
 
88 bp  60  0.00000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.813738  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0059  tRNA-Ser  85.56 
 
 
88 bp  60  0.00000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA6  tRNA-Ser  97.06 
 
 
90 bp  60  0.00000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  85.56 
 
 
88 bp  60  0.00000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2954  tRNA-Ser  85.56 
 
 
88 bp  60  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876099  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    97.06 
 
 
90 bp  60  0.00000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3054  tRNA-Ser  85.56 
 
 
88 bp  60  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0040  tRNA-Ser  85.56 
 
 
88 bp  60  0.00000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000505544  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0030  tRNA-Ser  92.86 
 
 
92 bp  60  0.00000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.305018  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1969  tRNA-Ser  85.56 
 
 
88 bp  60  0.00000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.156913  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2643  tRNA-Ser  85.56 
 
 
88 bp  60  0.00000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1581  tRNA-Ser  85.56 
 
 
88 bp  60  0.00000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.151315  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0015  tRNA-Ser  97.06 
 
 
90 bp  60  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0031  tRNA-Ser  85.71 
 
 
90 bp  60  0.00000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.52176  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0047  tRNA-Ser  92.86 
 
 
88 bp  60  0.00000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.047697  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  97.06 
 
 
90 bp  60  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0038  tRNA-Ser  91.3 
 
 
88 bp  60  0.00000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0957945 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  97.06 
 
 
90 bp  60  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0059  tRNA-Ser  97.06 
 
 
90 bp  60  0.00000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00925485  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3020  tRNA-Ser  85.56 
 
 
88 bp  60  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.419002  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0012  tRNA-Ser  85.71 
 
 
90 bp  60  0.00000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.591659  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0049  tRNA-Ser  92.86 
 
 
88 bp  60  0.00000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0038  tRNA-Ser  92.86 
 
 
88 bp  60  0.00000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.64209  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0043  tRNA-Ser  92.86 
 
 
88 bp  60  0.00000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0056  tRNA-Ser  92.86 
 
 
88 bp  60  0.00000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000159077  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0058  tRNA-Ser  92.86 
 
 
88 bp  60  0.00000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.345279  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0024  tRNA-Ser  85.71 
 
 
90 bp  60  0.00000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.771773  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0810  tRNA-Ser  85.56 
 
 
88 bp  60  0.00000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0309716  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0414  tRNA-Ser  96.97 
 
 
85 bp  58  0.0000004  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0005  tRNA-Ser  94.59 
 
 
90 bp  58  0.0000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.507885  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t031  tRNA-Ser  94.44 
 
 
91 bp  56  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t032  tRNA-Ser  94.44 
 
 
91 bp  56  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t044  tRNA-Ser  94.44 
 
 
91 bp  56  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0044  tRNA-Ser  94.44 
 
 
91 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00391672  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t070  tRNA-Ser  94.44 
 
 
91 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0130156  normal  0.270394 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t061  tRNA-Ser  94.44 
 
 
91 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.011458  hitchhiker  0.000000339916 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0071  tRNA-Ser  94.44 
 
 
91 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000718864  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  94.44 
 
 
90 bp  56  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0072  tRNA-Ser  94.44 
 
 
91 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0140823  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0081  tRNA-Ser  94.44 
 
 
91 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.147278  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0080  tRNA-Ser  94.44 
 
 
91 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.247761  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0060  tRNA-Ser  94.44 
 
 
91 bp  56  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0061  tRNA-Ser  94.44 
 
 
91 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00295875  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0082  tRNA-Ser  94.44 
 
 
91 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00228786  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0060  tRNA-Ser  94.44 
 
 
91 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0407433  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0077  tRNA-Ser  94.44 
 
 
91 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000799433  normal  0.199277 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0078  tRNA-Ser  94.44 
 
 
91 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000673855  normal  0.197197 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0088  tRNA-Ser  94.44 
 
 
91 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00139579  hitchhiker  0.0000269185 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0040  tRNA-Ser  94.44 
 
 
91 bp  56  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0094275  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0059  tRNA-Ser  94.44 
 
 
91 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000119289  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0060  tRNA-Ser  94.44 
 
 
91 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000594401  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  94.44 
 
 
90 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0070  tRNA-Ser  94.44 
 
 
91 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000322089  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0072  tRNA-Ser  94.44 
 
 
91 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000100373  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  94.44 
 
 
90 bp  56  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>