121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_RNA47 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_t40  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA47  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.276282 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4245  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000123139  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1445  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000299602  normal  0.74415 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0068  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 88 bp  115  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.639898  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R47  tRNA-Ser  90.41 
 
 		 88 bp  89.7  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00483032  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0006  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0291328  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0073  tRNA-Ser  90 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673451  normal  0.952088 
 
 
-
 
NC_003295  RS01508  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.162951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.182504  normal  0.716043 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.341382  normal  0.773631 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0822  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0038  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60250  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0059  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.98639 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0085  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12770  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00471501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0031  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.52176  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0040  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.386167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0012  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.591659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0065  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0055  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.983952 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0060  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.276036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0024  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.771773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0072  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.789725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0078  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.412983 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0020  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0294133 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0062  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.2408  normal  0.378741 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0006  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0009  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0165  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0064  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30420  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1188  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2605  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.164026  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0045  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103835  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0007  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0039  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0008  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0010  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0027  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.233684  normal  0.0829519 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t60  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0110134 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0005  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.87296e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t16  tRNA-Ser  100 
 
 		 83 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0058  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.337917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0037  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0421417 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.743762  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0046  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.52557  normal  0.0292878 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0050  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0056  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.506019  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0049  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00123385 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0046  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557666 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0074  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.982484  normal  0.493947 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0051  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.794594  normal  0.436423 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 		 83 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 		 83 bp  52  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.32167  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0056  tRNA-Ser  82.72 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000159077  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0043  tRNA-Ser  82.72 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0049  tRNA-Ser  82.72 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0047  tRNA-Ser  82.72 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.047697  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0027  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0045  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.331692  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0041  tRNA-Ser  82.72 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.985035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0042  tRNA-Ser  82.72 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.760649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0003  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000308763  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0001  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000012386 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0038  tRNA-Ser  82.72 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.64209  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0058  tRNA-Ser  82.72 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.345279  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0001  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0013  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.694217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0044  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.454359  normal  0.450062 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0015  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0051  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0055  tRNA-Ser  90 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.362894 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0028  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000693874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.813738  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0043  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0810  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0309716  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2643  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2954  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876099  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3020  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.419002  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1969  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.156913  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>