156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_4306 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007494  RSP_4306  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0070  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0020  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.178349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0023  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0350169 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3054  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1581  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.151315  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0810  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0309716  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2643  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2954  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876099  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3020  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.419002  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1969  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.156913  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0059  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0037  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0421417 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0030  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.993805 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0010  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 88 bp  93.7  7e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0026  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 88 bp  93.7  7e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.580647  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0027  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 88 bp  93.7  7e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.896039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0027  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0027  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0851644  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0016  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.116346  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0015  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.369834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0055  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.983952 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0035  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.181882  normal  0.666229 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0064  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0045  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103835  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0046  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557666 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.813738  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0044  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0033  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.341382  normal  0.773631 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0008  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0059  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.98639 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0021  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.846979  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0037  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.182504  normal  0.716043 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0020  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0294133 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309348  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00366383 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0035  tRNA-Ser  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0038  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0027  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0065  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t60  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0110134 
 
 
-
 
NC_003295  RS01508  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.162951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    92.86 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0062  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.2408  normal  0.378741 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0031  tRNA-Ser  85.14 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.52176  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0085  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0012  tRNA-Ser  85.14 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.591659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0046  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.52557  normal  0.0292878 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  85.14 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0049  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00123385 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0072  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.789725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0051  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.794594  normal  0.436423 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0060  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.276036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0074  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.982484  normal  0.493947 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0078  tRNA-Ser  83.15 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.412983 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0030  tRNA-Ser  83.7 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.305018  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0019  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0038  tRNA-Ser  89.58 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0957945 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0015  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.399883  normal  0.370558 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309077  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.537864  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNASerVIMSS1309109  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.701033  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNASerVIMSS1309153  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0041  tRNA-Ser  89.58 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.985035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0042  tRNA-Ser  89.58 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.760649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2605  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.164026  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0051  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6557  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.209709  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0049  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0029  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.578587  hitchhiker  0.00382784 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309262  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0047  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.047697  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0043  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0038  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.64209  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0058  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.345279  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0056  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000159077  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt03  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.038347  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0040  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000505544  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0043  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0040  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.386167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0006  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0291328  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36870  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.339206  normal  0.059876 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0003  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000352958  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0526  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0029  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0695798 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0001  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000971993  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0024  tRNA-Ser  83.78 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.771773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0024  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30420  tRNA-Ser  82.72 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60250  tRNA-Ser  82.72 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0052  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000218477  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R47  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00483032  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309256  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.123875 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>