253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_R0049 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012880  Dd703_R0049  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0056  tRNA-Ser  98.86 
 
 		 88 bp  167  5e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000159077  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0047  tRNA-Ser  98.86 
 
 		 88 bp  167  5e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.047697  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0038  tRNA-Ser  98.86 
 
 		 88 bp  167  5e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.64209  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0058  tRNA-Ser  98.86 
 
 		 88 bp  167  5e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.345279  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0042  tRNA-Ser  93.9 
 
 		 88 bp  123  7e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.760649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0041  tRNA-Ser  93.9 
 
 		 88 bp  123  7e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.985035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0054  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 88 bp  111  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000530132  hitchhiker  0.00450232 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00023  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 88 bp  107  4e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.115823  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0052  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 88 bp  107  4e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000218477  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1128  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  8.93394e-25 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0065  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 88 bp  107  4e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0269499  hitchhiker  0.0000672663 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2147  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0226086  normal  0.478396 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4663  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000383735  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5026  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 88 bp  107  4e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000747875  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1195  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1150  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.14508  normal  0.321314 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1045  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.395551  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1162  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.520358 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1206  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2775  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0559618  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0038  tRNA-Ser  94.2 
 
 		 88 bp  105  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0957945 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3212  tRNA-Ser  89.77 
 
 		 90 bp  103  7e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000867673  hitchhiker  0.00385605 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0070  tRNA-Ser  89.77 
 
 		 88 bp  103  7e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4242  tRNA-Ser  89.77 
 
 		 90 bp  103  7e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.139053  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  92.75 
 
 		 88 bp  97.6  4e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.813738  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0051  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 88 bp  95.6  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1226  hypothetical protein  100 
 
 		 99 bp  79.8  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0045  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0064  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer03  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 93 bp  77.8  0.0000000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000286931  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0035  tRNA-Ser  88.41 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.181882  normal  0.666229 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0040  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000505544  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0027  tRNA-Ser  88.41 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0027  tRNA-Ser  88.41 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0851644  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    97.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0046  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557666 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0037  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0421417 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0414  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0074  tRNA-Ser  85.37 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.982484  normal  0.493947 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0049  tRNA-Ser  85.37 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00123385 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0011  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0710717  normal  0.837706 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0051  tRNA-Ser  85.37 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.794594  normal  0.436423 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0021  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.846979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0040  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.66072  hitchhiker  0.00010969 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3054  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1581  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.151315  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0059  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0810  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0309716  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2643  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2954  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876099  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3020  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.419002  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1969  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.156913  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t60  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0110134 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt03  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.038347  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1628  tRNA-Ser  95 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100437  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R47  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00483032  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0043  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2548  tRNA-Ser  95 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.221952  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0526  tRNA-Ser  95 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0040  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0721486  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0055  tRNA-Ser  95 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.362894 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2605  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.164026  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60250  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0005  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.87296e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0058  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.337917  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0001  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000012386 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0030  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.993805 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0027  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0001  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1196  hypothetical protein  93.02 
 
 		 120 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30420  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0003  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000000261436  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0003  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000308763  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t031  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t032  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t044  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0070  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000322089  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0082  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00228786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0040  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0094275  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00325  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05459  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0081  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.147278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0044  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00391672  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0060  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0407433  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0061  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00295875  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0062  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000500445  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06826  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03029  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>