189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmc1_R0015 on replicon NC_008576
Organism: Magnetococcus sp. MC-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008576  Mmc1_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.399883  normal  0.370558 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0043  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0038  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0957945 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    92.42 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  92.42 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  92.42 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  89.06 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3054  tRNA-Ser  89.06 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1581  tRNA-Ser  89.06 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.151315  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0059  tRNA-Ser  89.06 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0001  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 89 bp  71.9  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000514478  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0810  tRNA-Ser  89.06 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0309716  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2643  tRNA-Ser  89.06 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2954  tRNA-Ser  89.06 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876099  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3020  tRNA-Ser  89.06 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.419002  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1969  tRNA-Ser  89.06 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.156913  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0030  tRNA-Ser  90.77 
 
 		 92 bp  69.9  0.0000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.305018  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0027  tRNA-Ser  86.3 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.896039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0010  tRNA-Ser  86.3 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0026  tRNA-Ser  86.3 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.580647  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0051  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0040  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.386167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0065  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0085  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0060  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.276036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0421417 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0072  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.789725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0064  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0065  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0087  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000189881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0055  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.983952 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.2408  normal  0.378741 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0030  tRNA-Ser  89.39 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.993805 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0078  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.412983 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4306  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0008  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  8.59905e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0043  tRNA-Ser  88.46 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0965121  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0070  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00023  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.115823  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0052  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000218477  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1045  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.395551  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0101  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.174048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4663  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000383735  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0002  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0024  tRNA-Ser  90.2 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000896566  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0058  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481148  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2775  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0559618  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0044  tRNA-Ser  86.44 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.919429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5026  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000747875  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1128  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  8.93394e-25 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1195  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2147  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0226086  normal  0.478396 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1150  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.14508  normal  0.321314 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0059  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.98639 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_R0017  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.778206  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1206  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1162  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.520358 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0041  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.985035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0042  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.760649  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0065  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0269499  hitchhiker  0.0000672663 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0001  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.44549  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309348  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00366383 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt03  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.038347  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0008  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.682729 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_513  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0029  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.578587  hitchhiker  0.00382784 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0026  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.369996  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0002  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000138039  hitchhiker  0.00000107328 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0029  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0695798 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0020  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0294133 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0046  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557666 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0021  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.846979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0020  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.178349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0023  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0350169 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0027  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6557  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.209709  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0009  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0043  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.179868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0526  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0027  tRNA-Ser  83.56 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3071  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.21271  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0040  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000505544  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0017  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1566  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.220186  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0028  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.343811  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0027  tRNA-Ser  83.56 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0851644  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0795  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2627  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.105865  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2985  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.164752  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3037  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1985  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0006  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0009  tRNA-Ser  90 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.56396 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>