211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene tRNA-Ser-1 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0001  tRNA-Ser  96.51 
 
 		 86 bp  147  5e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0001  tRNA-Ser  96.51 
 
 		 86 bp  147  5e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000012386 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0003  tRNA-Ser  96.51 
 
 		 86 bp  147  5e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000308763  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0058  tRNA-Ser  97.47 
 
 		 86 bp  141  3e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.337917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0005  tRNA-Ser  92.41 
 
 		 86 bp  109  1e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.87296e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0003  tRNA-Ser  92.41 
 
 		 86 bp  109  1e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000000261436  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12770  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 88 bp  89.7  1e-16  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00471501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0045  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 93 bp  83.8  0.000000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.331692  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0001  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0006  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.121639  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0004  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 96 bp  69.9  0.00000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.489896  normal  0.220427 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.232156  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0055  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.953649  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0004  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1445  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000299602  normal  0.74415 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0057  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60250  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0056  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0031  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.52176  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0040  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.386167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0006  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0012  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.591659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0020  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0294133 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0065  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0057  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.570603  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0055  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0709169  normal  0.617884 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0085  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0055  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.983952 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4245  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000123139  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0006  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0291328  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0073  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673451  normal  0.952088 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0024  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.771773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0060  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.276036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0068  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.639898  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0072  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.789725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0078  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.412983 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0062  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.2408  normal  0.378741 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0014  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00196818  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0027  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2605  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 92 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.164026  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t60  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0110134 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0101  tRNA-Ser  89.8 
 
 		 90 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.174048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0074  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.982484  normal  0.493947 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t40  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  58  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA47  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.276282 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0055  tRNA-Ser  86.15 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.362894 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R47  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00483032  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0049  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00123385 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  58  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1188  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 93 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0001  tRNA-Ser  89.8 
 
 		 90 bp  58  0.0000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00401168  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30420  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0051  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.794594  normal  0.436423 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  58  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0005  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.179049 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0046  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.52557  normal  0.0292878 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0064  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0037  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0421417 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0046  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557666 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0045  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103835  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0048  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0058  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0077  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.361523 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0001  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000514478  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0051  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01508  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.162951  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1542  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0044  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0020  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.437466  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0822  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0003  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0008  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1981  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0044  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.919429  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0037  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.182504  normal  0.716043 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1785  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1758  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0007  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0033  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.341382  normal  0.773631 
 
 
-
 
NC_002950  PGt19  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00413231 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28090  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0040  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0721486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer01  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.454319  normal  0.359191 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0028  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.208638  hitchhiker  0.00938841 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0097  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0107664  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt15  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>