157 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE_tRNA-Ser-2 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.232156  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer01  tRNA-Ser  90.54 
 
 		 88 bp  91.7  2e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.454319  normal  0.359191 
 
 
-
 
NC_002950  PGt19  tRNA-Ser  91.8 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00413231 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0045  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 93 bp  77.8  0.0000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.331692  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0003  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000000261436  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0004  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0005  tRNA-Ser  90.28 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.179049 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0001  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 86 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000012386 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0003  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 86 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000308763  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0001  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 86 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0005  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.87296e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0048  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0006  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.121639  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0028  tRNA-Ser  90.57 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.208638  hitchhiker  0.00938841 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0101  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.174048  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0057  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.570603  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0014  tRNA-Ser  95 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00196818  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0056  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0001  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00401168  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12770  tRNA-Ser  86.76 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00471501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0004  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 96 bp  63.9  0.000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.489896  normal  0.220427 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0055  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0709169  normal  0.617884 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0057  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Pseudo-1  tRNA-OTHER  88.14 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.526537  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0058  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.337917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0055  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.953649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1653  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 90 bp  58  0.0000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2241  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 92 bp  58  0.0000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2328  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 92 bp  58  0.0000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0176305  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00023  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.115823  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0052  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000218477  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1195  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0040  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000505544  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0065  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.211097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1206  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1128  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  8.93394e-25 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1162  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.520358 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2775  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0559618  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0095  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0041  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.985035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0042  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.760649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1045  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.395551  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4663  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000383735  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5026  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000747875  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0001  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0065  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0269499  hitchhiker  0.0000672663 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2147  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0226086  normal  0.478396 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1150  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.14508  normal  0.321314 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 91 bp  54  0.000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0027  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1785  tRNA-Ser  84.51 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  54  0.000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  92.31 
 
 		 126 bp  54  0.000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  54  0.000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0001  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt15  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt15  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0045  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0040  tRNA-Ser  84.29 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0721486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0044  tRNA-Ser  84.29 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.919429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0059  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.98639 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0007  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0021  tRNA-Ser  87.14 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.846979  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 88 bp  50.1  0.00008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt03  tRNA-Ser  85.92 
 
 		 90 bp  50.1  0.00008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.038347  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1758  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 88 bp  50.1  0.00008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0526  tRNA-Ser  85.92 
 
 		 92 bp  50.1  0.00008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0003  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 88 bp  50.1  0.00008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1981  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 88 bp  50.1  0.00008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0026  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000000712114  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1542  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60250  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.813738  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0038  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.64209  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0035  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.181882  normal  0.666229 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0049  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0043  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0020  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0294133 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0012  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.591659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0027  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0851644  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0006  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0291328  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0065  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.10378  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0047  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.047697  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0062  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.2408  normal  0.378741 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0072  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0637954 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0065  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0060  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.276036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0024  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.771773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0072  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.789725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0078  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.412983 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0027  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>