157 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_R0001 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0003  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000308763  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000012386 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  96.51 
 
 		 86 bp  147  5e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0058  tRNA-Ser  96.51 
 
 		 86 bp  147  5e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.337917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0003  tRNA-Ser  94.19 
 
 		 86 bp  131  3e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000000261436  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0005  tRNA-Ser  91.86 
 
 		 86 bp  115  2.0000000000000002e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.87296e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12770  tRNA-Ser  92.05 
 
 		 88 bp  113  7.000000000000001e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00471501  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.232156  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  71.9  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.489896  normal  0.220427 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0014  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 91 bp  69.9  0.00000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00196818  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0055  tRNA-Ser  86.08 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.362894 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0045  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 93 bp  67.9  0.0000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.331692  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0055  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.953649  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0004  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0006  tRNA-Ser  91.84 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.121639  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28090  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  95 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0049  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0057  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.570603  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0047  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.047697  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0056  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0038  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.64209  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0077  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.361523 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer03  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000286931  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0001  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00401168  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0058  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.345279  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0043  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0057  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0055  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0709169  normal  0.617884 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0056  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000159077  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0101  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.174048  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0007  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0048  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1542  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0040  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0721486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1785  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1758  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1981  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0001  tRNA-Ser  83.95 
 
 		 91 bp  58  0.0000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.813738  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0020  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0294133 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0031  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.52176  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0062  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.2408  normal  0.378741 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0028  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000693874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0040  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.386167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0038  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0957945 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60250  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0012  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.591659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0006  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0291328  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0065  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0006  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0085  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0055  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.983952 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6020  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0060  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.276036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0024  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.771773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0072  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.789725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0078  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.412983 
 
 
-
 
NC_002950  PGt19  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00413231 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0095  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer01  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.454319  normal  0.359191 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0044  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.919429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0065  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.211097  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11580  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00471501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0414  tRNA-Ser  83.53 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0004  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000551383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0028  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.208638  hitchhiker  0.00938841 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4245  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000123139  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27960  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.251504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0073  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673451  normal  0.952088 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1445  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000299602  normal  0.74415 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0068  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.639898  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t60  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0110134 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t40  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA47  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.276282 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R47  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00483032  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0001  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30420  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1188  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0046  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.52557  normal  0.0292878 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0049  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00123385 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2605  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.164026  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4242  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.139053  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1653  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2241  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2328  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0176305  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0054  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000530132  hitchhiker  0.00450232 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3212  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000867673  hitchhiker  0.00385605 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0074  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.982484  normal  0.493947 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0070  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0051  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.794594  normal  0.436423 
 
 
-
 
NC_006369  lplt15  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1128  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  8.93394e-25 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0041  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.985035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0042  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.760649  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>