135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_R0058 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_R0058  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  182  1e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0065  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 92 bp  103  7e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.10378  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0072  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 92 bp  103  7e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0637954 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0001  tRNA-Ser  89.39 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0048  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0003  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0056  tRNA-Ser  85.33 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0057  tRNA-Ser  85.33 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0055  tRNA-Ser  85.33 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0709169  normal  0.617884 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0057  tRNA-Ser  85.33 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.570603  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  60  0.0000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  91.49 
 
 		 126 bp  56  0.000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0067  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.978703  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0058  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.337917  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1542  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0028  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.208638  hitchhiker  0.00938841 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0045  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.331692  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1758  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1981  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6020  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0029  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 94 bp  54  0.000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.559741  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0004  tRNA-Ser  84 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0005  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.179049 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0005  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.87296e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0077  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.361523 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer01  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.454319  normal  0.359191 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0065  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.211097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0044  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.919429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0004  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.442962  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0095  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0007  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000441599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2567  tRNA-Tyr  100 
 
 		 81 bp  50.1  0.00009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0090  tRNA-Tyr  100 
 
 		 81 bp  50.1  0.00009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1785  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1653  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2241  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0055  tRNA-Ser  82.61 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.983952 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2328  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0176305  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0003  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000000261436  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt19  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00413231 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0045  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt15  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt15  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0055  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 86 bp  48.1  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.362894 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0015  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.399883  normal  0.370558 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0042  tRNA-Ser  90 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.713884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0004  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000551383  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11580  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00471501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27960  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.251504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0101  tRNA-Ser  84.38 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.174048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0001  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0063  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.874124  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0004  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0658061 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0468  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.232156  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000012386 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0028  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000693874  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0029  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer03  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000286931  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0031  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.110532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0003  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000308763  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.110057  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t031  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t09173  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.694457  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0043  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0040  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.386167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0033  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0046  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000102929  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0080  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000427026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0081  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000367206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0099  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.70942  hitchhiker  0.000224903 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0077  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000799433  normal  0.199277 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0078  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000673855  normal  0.197197 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0059  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000119289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0060  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000594401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0044  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00391672  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0060  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0407433  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0061  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00295875  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0062  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000500445  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0040  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0094275  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0041  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00826938  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0060  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0038  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0080  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.247761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0072  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.789725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0078  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.412983 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0019  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.698383 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0039  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0058  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>