209 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_R0008 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_R0008  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0007  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00014183  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0007  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0001  tRNA-Pro  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0021  tRNA-Pro  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0002  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0049  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.757916 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t40  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000171726  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0042  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.010895  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0041  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0037  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0085  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000032412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0059  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493454  normal  0.0177961 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0036  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.211682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0022  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0046  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.372739  normal  0.328278 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5179  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.827734  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0041  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000127927 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0043  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.025713  normal  0.877407 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60070  tRNA-Pro  93.48 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.662949  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4313  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0009  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  0.00000000000618395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0026  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.358693  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60160  tRNA-Pro  93.48 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000641605  hitchhiker  0.0000000111412 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0042  tRNA-Pro  92 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.164051  normal  0.792068 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0022  tRNA-Pro  92 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.283237  normal  0.256821 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0020  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0219771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0044  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261582 
 
 
-
 
NC_006368  lppt25  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt25  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0022  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.367488  normal  0.0190369 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0046  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.000000000000003033  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0019  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000286409  normal  0.184276 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0019  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000077385  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0039  tRNA-Pro  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.122953 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R82  tRNA-Pro  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000106099  normal  0.132387 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0024  tRNA-Pro  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00967151  normal  0.661007 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0043  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0225474  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0014  tRNA-Pro  97.22 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.599109 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tPro01  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113997 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tPro02  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.112486 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0071  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000011229  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna46  tRNA-Pro  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t12  tRNA-Pro  87.1 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00000649817  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t14  tRNA-Pro  87.1 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00607834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0029  tRNA-Pro  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.718655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0022  tRNA-Pro  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.490291  normal  0.131651 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0017  tRNA-Pro  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.334126  normal  0.251845 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0018  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0024  tRNA-Pro  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.471788  normal  0.0816799 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0057  tRNA-Pro  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0089  tRNA-Pro  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0049  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.197597  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0057  tRNA-Pro  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0019  tRNA-Pro  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0928705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0074  tRNA-Pro  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.115368  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0006  tRNA-Pro  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.715735  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0051  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1378  tRNA-Pro  87.1 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0027  tRNA-Pro  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0051  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0065  tRNA-Pro  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000795587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0067  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.912761 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0044  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.408268  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4331  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.521695  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0051  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.659123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0001  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.600067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0047  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00017346  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0022  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000445739  unclonable  9.38504e-19 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12440  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0035  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000197485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0048  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.917101  hitchhiker  0.00792166 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0021  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.162595 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0041  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210764 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0028  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.64195  normal  0.970815 
 
 
-
 
NC_003295  RS00236  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000448409  normal  0.197612 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA10  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00000000713985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA12  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000032526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA24  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.903003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0065  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0071534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3525  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.824024  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R84  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000112788  normal  0.137861 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0030  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000217063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0005  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.3872  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0069  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0515498  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0049  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.27479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0005  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000494404  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0040  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.438768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0032  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0580782  normal  0.580774 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0022  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000372763  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0021  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000673649  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0087  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13531  normal  0.263782 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0064  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000117947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0034  tRNA-Ala  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.36427 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3492  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3528  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.561103  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3256  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0049  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00324423  hitchhiker  0.00377548 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0011  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>