167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_AR0030 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_AR0030  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.113286  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2898  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.685714  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0048  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0014  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.63357  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0045  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0056  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000198324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0018  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0036  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2326  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.261307  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0006  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000451843  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2141  hypothetical protein  100 
 
 		 156 bp  58  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0035  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.211477  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0033  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000399427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0080  tRNA-Pro  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0016  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.319335  normal  0.075677 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0048  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.281731  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0034  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0742287  normal  0.354735 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0031  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0001  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0032  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14026  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0051  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000728267 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0040  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.438768  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.630554  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS00236  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000448409  normal  0.197612 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-5  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.110378  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0048  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0424708  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0042  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0325324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3525  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.824024  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0049  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00324423  hitchhiker  0.00377548 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2817  hypothetical protein  96.77 
 
 		 1494 bp  54  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.292015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1138  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0040  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000750731  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0005  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.3872  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0004  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0069  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0515498  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0049  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.27479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0005  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000494404  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0033  tRNA-Pro  84 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.520451  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0022  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000997774  normal  0.0266859 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0054  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.403688  hitchhiker  0.000271304 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0022  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000372763  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0046  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.372739  normal  0.328278 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0021  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000673649  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0064  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000117947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0030  tRNA-Pro  84 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.419312  normal  0.337362 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0047  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0010  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0324459 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0004  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.640257 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0448  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0052  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0227827 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0031  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0236365 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1307  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.724115  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0051  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000729144 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0041  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000127927 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0038  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3492  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3528  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.561103  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0030  tRNA-Pro  84 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3256  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0087  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13531  normal  0.263782 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0036  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000605853  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0022  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000810765  normal  0.522992 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0065  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0071534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0491  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000930823  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09510  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.500506  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1688  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0559093  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 78 bp  50.1  0.00008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0493619  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03937  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0011  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0018  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161643  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0035  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 78 bp  50.1  0.00008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000101815  hitchhiker  0.00514496 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0051  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.659123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0011  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.192635  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0032  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0029  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0027  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192798  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0042  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0040  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.310253  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0033  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1745  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.666624  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0972  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0531228  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0008  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0021  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0013  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 78 bp  50.1  0.00008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000103511  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0033  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>