254 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_R0014 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_R0014  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.63357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6032  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00194019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0045  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0030  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.113286  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0056  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000198324  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2606  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.834732  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0023  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0041  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0647014 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0048  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.281731  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0040  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.312824  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0028  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.243939  normal  0.354457 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0042  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0044  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.115287  normal  0.132684 
 
 
-
 
NC_003295  RS03937  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1528  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.359619  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-4  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0972  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0531228  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0011  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0021  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1901  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0018  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161643  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1745  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.666624  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0033  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0011  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.192635  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2581  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0434845  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0049  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.046513  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0024  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.652355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0016  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.617761  normal  0.659396 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0032  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.869887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0042  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1722  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181858  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0194  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.56004  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0027  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192798  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0042  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0024  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0040  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.310253  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0053  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.763389  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0056  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0051  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0049  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.197597  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0049  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.757916 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0051  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0023  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0043  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.417054  normal  0.645592 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.043428  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0009  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03760  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0394187 
 
 
-
 
NC_006368  lppt38  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt38  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0067  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.912761 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0009  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.565399  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0027  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0030    94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0163482  normal  0.16826 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1407  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00146012  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0044  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.408268  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60200  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0060  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108577  normal  0.0545385 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0050  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115332  normal  0.906825 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0022  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000263342  normal  0.454307 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0051  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.659123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0009  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.687606  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1470  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.203252  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0037  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0330229  normal  0.370598 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0041  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0040  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0033  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.923916  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0025  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.692455  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0051  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0067  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0008  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0033  tRNA-Pro  100 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.614973  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2512  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0046  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0243465 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28740  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000230263  hitchhiker  0.00000000587474 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA20  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0493048 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0056  tRNA-Pro  100 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.715456  normal  0.81728 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0041  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210764 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-5  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.110378  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3492  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0048  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0424708  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0018  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0025    96.55 
 
 		 78 bp  50.1  0.00008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.717404  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3525  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.824024  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2817  hypothetical protein  93.94 
 
 		 1494 bp  50.1  0.00008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.292015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0031  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0018  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0533393  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0050  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000408942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0005  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.3872  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0069  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0515498  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0024  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 78 bp  50.1  0.00008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0062  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.768136  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3256  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0057  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 78 bp  50.1  0.00008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>