73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_R0040 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_R0040  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.312824  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0030    93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0163482  normal  0.16826 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0033  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.923916  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA20  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0493048 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0040  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0025  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.692455  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0024  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.8382 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0011  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0037  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0330229  normal  0.370598 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0067  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0011  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6032  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00194019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0014  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.63357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0027  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00837628  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna31  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.184408  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0040  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0475845  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0049  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0541281  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0049  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.925267  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0068  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.147043  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0056  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000198324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0026  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0013  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000629989  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA30  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.179401 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0020  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.951008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05971  hypothetical protein  93.55 
 
 		 207 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0437067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0785  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.571174  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.855611  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0680  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0731401  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0057  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0057  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna46  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0019  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0928705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0006  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.715735  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0042  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0017  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.334126  normal  0.251845 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0066  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000715268  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0062  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.768136  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2609  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.181156  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0042  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.010895  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0058  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000407746  normal  0.446811 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.550861 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0027  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.719402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0008  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4582  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0034  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0014  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.267148 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.916534 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_667  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0198942  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0049  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0311688  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0021  tRNA-Val  100 
 
 		 69 bp  44.1  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.702052 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0022  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0746641  normal  0.301569 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0037  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAProVIMSS1309096  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 69 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.185  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_R0064  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0005  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0018  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0533393  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAProVIMSS1309374  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAProVIMSS1309169  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309294  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.928684 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAProVIMSS1309194  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAProVIMSS1309128  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0052  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAProVIMSS1309094  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.220954  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0007  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0028  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0791712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0018  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.471036  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0053  tRNA-Met  100 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0019  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>