135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_rna31 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_rna31  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.184408  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0049  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.925267  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0049  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0541281  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0039  tRNA-Pro  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000294906  hitchhiker  0.000684327 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0052  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0044  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0039  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000242706 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0009  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0030  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0641219  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0057  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.600099  normal  0.289188 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0087  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0076  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.77205  normal  0.0987165 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0039  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.500451  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0005  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0057  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0035  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA40  tRNA-Pro  95.35 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0135525  normal  0.0275356 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0026  tRNA-Pro  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0034  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.139468  normal  0.191079 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.043428  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0022  tRNA-Pro  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000263342  normal  0.454307 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0615  tRNA-Pro  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.394292  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0075  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0814813  normal  0.0521466 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0070  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0072  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.46213  normal  0.371186 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0030    84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0163482  normal  0.16826 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0040  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0033  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.923916  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0012  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA20  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0493048 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0057  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0033  tRNA-Pro  89.8 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.273821  hitchhiker  0.000950715 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0025  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.692455  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t10  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0829003  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt38  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt38  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0019  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0057  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0774  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.631  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0011  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.11857  normal  0.0548204 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0060  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108577  normal  0.0545385 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0048  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255642  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0040  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0475845  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0032  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0040  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.312824  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0037  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0330229  normal  0.370598 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0093  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0020  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.951008  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0048  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.793007 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0025    87.72 
 
 		 78 bp  50.1  0.00008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.717404  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0027  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.719402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0036  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 78 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0226486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0024  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 78 bp  50.1  0.00008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0022  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000459218  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0028  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0791712  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0080  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0007  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0052  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09070  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0246462 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_R0043  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0014  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.267148 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0018  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.471036  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0019  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0311688  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0017  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0061005  normal  0.238616 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0031  tRNA-Pro  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.647879  normal  0.980358 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0047  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0013  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000629989  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0018  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.452658 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_667  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0198942  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0018  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0533393  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0012  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0290089 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0086  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0029  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0007  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.73016 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0035  tRNA-Pro  88.37 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  hitchhiker  0.000468595  normal  0.0532724 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0045  tRNA-Pro  88.37 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.240811  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0067  tRNA-Pro  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0005  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0059  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.193941 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0030  tRNA-Pro  88.37 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.237944  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt16  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.855611  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0067  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.912761 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0031  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0009  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.687606  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28740  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000230263  hitchhiker  0.00000000587474 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0018  tRNA-Pro  85.19 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0024  tRNA-Pro  85.19 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.253292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0042  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.010895  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0035  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.928344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0031  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.418817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0036  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.067402 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309295  tRNA-Pro  85.19 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.339192 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0046  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0243465 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0018  tRNA-Pro  85.19 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.530492  normal  0.12762 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0058  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.387879  normal  0.0550835 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0785  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.571174  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>