135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_R0025 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_R0025    100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.717404  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0024  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0057  tRNA-Pro  98.72 
 
 		 78 bp  147  4.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0036  tRNA-Pro  97.44 
 
 		 78 bp  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0226486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0035  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 78 bp  131  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  hitchhiker  0.000468595  normal  0.0532724 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0045  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 78 bp  131  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.240811  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0030  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 78 bp  131  3e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.237944  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0087  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0076  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.77205  normal  0.0987165 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA40  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0135525  normal  0.0275356 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0009  tRNA-Pro  92.19 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0030  tRNA-Pro  92.19 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0641219  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0057  tRNA-Pro  92.19 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.600099  normal  0.289188 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0039  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.500451  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0039  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000294906  hitchhiker  0.000684327 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0035  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0032  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0093  tRNA-Pro  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0003  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.308325  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0048  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.793007 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4561  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.315757  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0024  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03937  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-4  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0011  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1901  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0018  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161643  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0011  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.192635  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2581  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0434845  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0049  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.046513  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0016  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.617761  normal  0.659396 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0041  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0647014 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0027  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192798  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0028  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.243939  normal  0.354457 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0042  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0040  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.310253  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2606  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.834732  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1528  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.359619  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0194  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.56004  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1722  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181858  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1745  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.666624  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0972  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0531228  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0021  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0023  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0044  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.115287  normal  0.132684 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0042  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0033  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0042  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0053  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.763389  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0032  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.869887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0024  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.652355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0080  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0033  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.614973  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0032  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0580782  normal  0.580774 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0056  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.715456  normal  0.81728 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0056  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0028  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0254215  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00037  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.246516  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0038  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0155494  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0050  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.891288  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0023  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0042  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0045  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0056  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000765486  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0006  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3328  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.778001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2580  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0698829 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0019  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0012  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0142147 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1627  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100437  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0005  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0188  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.320411  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0774  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.631  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0011  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.11857  normal  0.0548204 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0048  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255642  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0011  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.162478  normal  0.385967 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4677  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.36506  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5045  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.149336  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_R0043  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0043  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.322484  normal  0.667641 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2339  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0754513  normal  0.044439 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0041  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0699  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.157721  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2423  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.176218 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2466  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0126419  hitchhiker  0.000665402 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2468  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.135658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2378  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0594589  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0050  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115332  normal  0.906825 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0056  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000198324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0014  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.63357  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0043  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.417054  normal  0.645592 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna31  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.184408  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>