72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_R0036 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_R0036  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0226486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0035  tRNA-Pro  98.72 
 
 		 78 bp  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  hitchhiker  0.000468595  normal  0.0532724 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0030  tRNA-Pro  98.72 
 
 		 78 bp  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.237944  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0045  tRNA-Pro  98.72 
 
 		 78 bp  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.240811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0025    97.44 
 
 		 78 bp  139  1e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.717404  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0024  tRNA-Pro  97.44 
 
 		 78 bp  139  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0057  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 78 bp  131  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0076  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.77205  normal  0.0987165 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0087  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA40  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0135525  normal  0.0275356 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0030  tRNA-Pro  92.19 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0641219  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0057  tRNA-Pro  92.19 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.600099  normal  0.289188 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0009  tRNA-Pro  92.19 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0039  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.500451  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0035  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0039  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000294906  hitchhiker  0.000684327 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0064  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0032  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0048  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.793007 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0052  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375643  normal  0.0809617 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0036  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0614485  normal  0.169266 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0047  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0035  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.4244  normal  0.758764 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0039  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0435386 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0053  tRNA-OTHER  96.97 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.16241 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4561  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.315757  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0049  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0408586  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0046  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0032  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0580782  normal  0.580774 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_R0043  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0046  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0014  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000480713  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0036  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00692633  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0048  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255642  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt38  tRNA-Pro  87.1 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0019  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0011  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.11857  normal  0.0548204 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0774  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.631  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0005  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt38  tRNA-Pro  87.1 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0069  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna31  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.184408  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0010  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.583908 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0042  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.716444  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1454  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 79 bp  50.1  0.00007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00328023  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1418  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 79 bp  50.1  0.00007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0027  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000372611  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1483  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.155971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0093  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0033  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4243  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.421739  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t10  tRNA-Pro  85.94 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0829003  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0015  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0005  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0026  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.122397  normal  0.206056 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0042  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.888445  hitchhiker  0.00955476 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0004  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0029  tRNA-Pro  86.44 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2557  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.55794e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0039  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000242706 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0044  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0052  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0768  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.28458  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0003  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.308325  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>