153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_4243 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_4243  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.421739  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1483  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.155971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0027  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000372611  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0071  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000476291  normal  0.709979 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3328  tRNA-Pro  93.67 
 
 		 79 bp  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.778001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2580  tRNA-Pro  93.67 
 
 		 79 bp  117  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0698829 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2378  tRNA-Pro  93.67 
 
 		 79 bp  117  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0594589  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2468  tRNA-Pro  93.67 
 
 		 79 bp  117  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.135658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2466  tRNA-Pro  93.67 
 
 		 79 bp  117  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0126419  hitchhiker  0.000665402 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4677  tRNA-Pro  93.67 
 
 		 79 bp  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.36506  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2423  tRNA-Pro  93.67 
 
 		 79 bp  117  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.176218 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2339  tRNA-Pro  93.67 
 
 		 79 bp  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0754513  normal  0.044439 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0699  tRNA-Pro  93.67 
 
 		 79 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.157721  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00037  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.246516  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0038  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0155494  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0056  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000765486  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0042  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0045  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0050  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.891288  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5045  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.149336  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0043  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.322484  normal  0.667641 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1627  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100437  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0389  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0034  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0293372  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0028  tRNA-Pro  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0254215  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t067  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000066415 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t037  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0105  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00814632  normal  0.0357368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0105  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111925  hitchhiker  0.000305013 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0084  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39434  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0102  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0499397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0055  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000197374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0055  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0049  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00129722  normal  0.854423 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0063  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000332377  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0029  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0065  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0874306  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0075  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0009  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0057  tRNA-Pro  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.252818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0042  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.716444  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0069  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0023  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0049  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.106855  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0010  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.583908 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0050  tRNA-Pro  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0015  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0005  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0026  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.122397  normal  0.206056 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0042  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.888445  hitchhiker  0.00955476 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0047  tRNA-Pro  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt38  tRNA-Pro  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt38  tRNA-Pro  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0028  tRNA-Pro  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0791712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0011  tRNA-Pro  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0108  tRNA-Pro  84.29 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03937  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-4  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0011  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0028  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.243939  normal  0.354457 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1901  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0050  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115332  normal  0.906825 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2581  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0434845  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0049  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.046513  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0016  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.617761  normal  0.659396 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0027  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192798  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0064  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0042  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0040  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.310253  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1528  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.359619  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0194  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.56004  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1722  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181858  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1745  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.666624  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0972  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0531228  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0010  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000124402  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1407  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00146012  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0044  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.115287  normal  0.132684 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1470  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.203252  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0042  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0042  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0053  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.763389  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0032  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.869887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0024  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.652355  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19810  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0097  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.96402 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0027  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0013  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000000324358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0040  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0029  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.334449 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0034  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0035  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  hitchhiker  0.000468595  normal  0.0532724 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0036  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0226486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0009  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0050  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309277  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.203232 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0030  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.237944  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>