99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_R0009 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_R0009  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0038  tRNA-Pro  94.23 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0155494  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00037  tRNA-Pro  94.23 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.246516  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4677  tRNA-Pro  94.23 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.36506  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5045  tRNA-Pro  94.23 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.149336  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0043  tRNA-Pro  94.23 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.322484  normal  0.667641 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2339  tRNA-Pro  94.23 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0754513  normal  0.044439 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0699  tRNA-Pro  94.23 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.157721  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2423  tRNA-Pro  94.23 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.176218 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2466  tRNA-Pro  94.23 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0126419  hitchhiker  0.000665402 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2468  tRNA-Pro  94.23 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.135658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2378  tRNA-Pro  94.23 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0594589  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2580  tRNA-Pro  94.23 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0698829 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3328  tRNA-Pro  94.23 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.778001  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0045  tRNA-Pro  94.23 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0056  tRNA-Pro  94.23 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000765486  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0042  tRNA-Pro  94.23 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0050  tRNA-Pro  94.23 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.891288  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1627  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100437  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4243  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.421739  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0027  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000372611  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1483  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.155971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0034  tRNA-Pro  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0293372  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0028  tRNA-Pro  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0254215  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0389  tRNA-Pro  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0071  tRNA-Pro  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000476291  normal  0.709979 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0014  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000112048 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0049  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.106855  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0011  tRNA-Pro  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0011  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0057  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.252818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0049  tRNA-Pro  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00129722  normal  0.854423 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0063  tRNA-Pro  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000332377  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0055  tRNA-Pro  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0075  tRNA-Pro  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0065  tRNA-Pro  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0874306  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0029  tRNA-Pro  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0023  tRNA-Pro  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2898  tRNA-Pro  84.38 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.685714  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t067  tRNA-Pro  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000066415 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0048  tRNA-Pro  84.38 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0055  tRNA-Pro  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000197374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0102  tRNA-Pro  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0499397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0084  tRNA-Pro  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39434  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0105  tRNA-Pro  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111925  hitchhiker  0.000305013 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0105  tRNA-Pro  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00814632  normal  0.0357368 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t037  tRNA-Pro  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0053  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000349668  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0050  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.651338  normal  0.744651 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0035  tRNA-Pro  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.211477  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0057  tRNA-Pro  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0079  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0897328  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0071  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00351274  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0062  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0202562  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0052  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.188618  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0044  tRNA-Pro  84.13 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00846239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0049  tRNA-Pro  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0408586  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0047  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.10564  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0058  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00611811  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_R0069  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0826408  hitchhiker  0.0022549 
 
 
-
 
NC_003296  RS05381  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0141064  normal  0.0944899 
 
 
-
 
NC_003295  RS05732  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0705135  normal  0.420987 
 
 
-
 
NC_003295  RS05583  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00137885  normal  0.131541 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0003  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.769558  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0108  tRNA-Pro  85.45 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS00235  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00686486  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0050  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.568856  normal  0.757396 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_BR0016  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.255703  normal  0.134128 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0016  tRNA-Pro  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.319335  normal  0.075677 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0032  tRNA-Pro  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0071  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00796346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0054  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000352314  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0044  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0237492  normal  0.0570511 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_R0063  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00000469016  normal  0.343249 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0076  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000179177  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0080  tRNA-Pro  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0063  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.517166  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0029  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0055  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0023  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1407  tRNA-Pro  83.87 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00146012  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0027  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0527994  normal  0.0630619 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Met-3  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.390156  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0036  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6011  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.991195 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0027  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0035  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0012  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0007  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0188037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0076  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00786304  normal  0.218816 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1470  tRNA-Pro  83.87 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.203252  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4561  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.315757  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0068  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.347514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0054  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.965262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0081  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.681899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0006  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0046  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0059  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>