153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_R0034 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_R0034  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0293372  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0028  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0254215  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t037  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0105  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00814632  normal  0.0357368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0105  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111925  hitchhiker  0.000305013 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0084  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39434  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0102  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0499397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0055  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000197374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0055  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0049  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00129722  normal  0.854423 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0063  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000332377  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0065  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0874306  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0075  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1627  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100437  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4243  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.421739  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1483  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.155971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0027  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000372611  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t067  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000066415 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0071  tRNA-Pro  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000476291  normal  0.709979 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0049  tRNA-Pro  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.106855  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00037  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.246516  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0038  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0155494  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2423  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 79 bp  83.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.176218 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0050  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.891288  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3328  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 79 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.778001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2580  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 79 bp  83.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0698829 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2378  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 79 bp  83.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0594589  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2468  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 79 bp  83.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.135658  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0042  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2466  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 79 bp  83.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0126419  hitchhiker  0.000665402 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0045  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0056  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000765486  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4677  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 79 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.36506  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5045  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.149336  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0043  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.322484  normal  0.667641 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2339  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 79 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0754513  normal  0.044439 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0699  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 79 bp  83.8  0.000000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.157721  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0005  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0026  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.122397  normal  0.206056 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0042  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.888445  hitchhiker  0.00955476 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0015  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0389  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1407  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00146012  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1470  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.203252  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0009  tRNA-Pro  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt38  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt38  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0060  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108577  normal  0.0545385 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0051  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0029  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0046  tRNA-Pro  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0027  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.719402  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0032  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0029  tRNA-Pro  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0048  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0197037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0007  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0052  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0014  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.267148 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0018  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.471036  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0019  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0002  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00636416  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0011  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.192635  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0311688  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_667  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0198942  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0035  tRNA-Pro  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.928344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0031  tRNA-Pro  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.418817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0036  tRNA-Pro  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.067402 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0028  tRNA-Pro  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0018  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0533393  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0057  tRNA-Pro  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0107433  normal  0.396712 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0058  tRNA-Pro  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.387879  normal  0.0550835 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00767918  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0007  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000164382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0054  tRNA-Pro  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0008  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00816895  normal  0.604163 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0071  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000628165  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tPro01  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 80 bp  50.1  0.00008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000000413507  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tPro02  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 80 bp  50.1  0.00008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00984668  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0032  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00831776  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0047  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0030  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000286797 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0020  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0047  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000442161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0050  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0044  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.408268  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0067  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.912761 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0040  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0050  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0069  tRNA-Pro  83.33 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0029  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.334449 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28740  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000230263  hitchhiker  0.00000000587474 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0042  tRNA-Pro  83.33 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.716444  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0029  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0677736  normal  0.092097 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0010  tRNA-Pro  83.33 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.583908 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309277  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.203232 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0046  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0243465 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0034  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0036  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.103691  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>