298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_R0071 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_R0071  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000628165  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3787  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3790  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.336069  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4650  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.253318  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4652  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0301186  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0573  tRNA-Pro  93.06 
 
 		 79 bp  103  6e-21  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  95.24 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000933808  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0015  tRNA-Pro  95.24 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000369215  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0031  tRNA-Pro  95.24 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.942258  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0180  tRNA-Pro  95.24 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0055  tRNA-Pro  95.24 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.758534  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0055  tRNA-Pro  95.24 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0015  tRNA-Pro  95.24 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000278716  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  93.65 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0096  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.859581  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0029  tRNA-Pro  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.334449 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0096  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0097  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.158212 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0098  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.266439  normal  0.536301 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0118  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0573912  normal  0.387892 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0097  tRNA-Pro  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000321345  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.226409  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R20  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0297  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000682634  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0563  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0024  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.158579  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0051  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000340535  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0073  tRNA-Pro  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00652705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0079  tRNA-Pro  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.604341  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0071  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0135255  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0042  tRNA-Pro  91.94 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00070  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000213346  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0104  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000101126  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0051  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4145  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000725201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4322  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000374213  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0086  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5235  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000789982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4158  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0097  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.96402 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0096  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0002  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.236408  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0121  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000547539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0002  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0040  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4160  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000214401  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0004  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.170858  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4160  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011069  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0041  tRNA-Pro  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0248017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4129  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.17442  normal  0.148505 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0088  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000235506  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4263  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000112218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5090  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000428942  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0029  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0173  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.485215  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0045  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0152131  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0006  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000337222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0528  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000899305  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0099  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309277  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.203232 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4164  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231631  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4214  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000749562  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0011  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000391408  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4295  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4202  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.22322e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4713  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.43285e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0050  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0002  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0110992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0094  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000259411  normal  0.139544 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0001  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.170167  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0063  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0061  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000960142  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0033  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0057  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000568305  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0044  tRNA-Pro  90.32 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0044  tRNA-Pro  90.32 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0011  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0037  tRNA-Pro  90.32 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00062  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0002  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0002  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4915  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Pro-4  tRNA-Pro  89.23 
 
 		 80 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000117481  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  89.23 
 
 		 80 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144248  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0030  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000286797 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4016  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0300292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0016  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504484  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0005  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0052  tRNA-Pro  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000206578  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0026  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.122397  normal  0.206056 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0059  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5043  tRNA-Pro  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000247128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tPro01  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 80 bp  73.8  0.000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000000413507  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tPro02  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 80 bp  73.8  0.000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00984668  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0015  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3956  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0473584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0052  tRNA-Pro  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000784073  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5079  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0278  tRNA-Pro  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>