157 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_R0069 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_R0069  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0010  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.583908 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0042  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.716444  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0002  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0050  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0043  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0170855  normal  0.349798 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0026  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0030  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000286797 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0032  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00831776  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0024  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0559967  normal  0.0473979 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06390  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.284201  normal  0.0452079 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15160  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00584084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0029  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0677736  normal  0.092097 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0029  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.396369  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23920  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.106953  normal  0.110319 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0043  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.390511  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0033  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0127395 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0044  tRNA-Pro  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0158567  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0018  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161643  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0049  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.106855  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0020  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00576144  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0025  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.349516 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0032  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.601376  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0032  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14021  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  88.41 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0311688  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0003  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.769558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0018  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0533393  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19810  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_667  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0198942  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0011  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0005  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0026  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.122397  normal  0.206056 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0042  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.888445  hitchhiker  0.00955476 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0015  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0020  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0053  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00100217  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0024  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.253292  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0025  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09740  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.843645 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0021  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0026  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.422663  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0018  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0018  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.530492  normal  0.12762 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0037  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.146864 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1407  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00146012  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1470  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.203252  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0029  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15480  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.837894  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0023  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.310662  normal  0.736236 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0047  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4561  tRNA-Pro  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.315757  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt38  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt38  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0033  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.981305 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0041  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0033  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.273821  hitchhiker  0.000950715 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0041  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0647014 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2606  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.834732  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0033  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0281324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0051  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0050  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4243  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.421739  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0051  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1483  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.155971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0027  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000372611  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0073  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00652705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0079  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.604341  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0027  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0097  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.96402 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0039  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.500451  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0035  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0020  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.951008  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0011  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.192635  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0032  tRNA-Pro  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0011  tRNA-Pro  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0034  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.139468  normal  0.191079 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0048  tRNA-Pro  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.793007 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.350456  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0010  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000124402  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0029  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.334449 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0050  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1685  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.443459  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1763  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0108  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2042  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000171349  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0030  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.640007  normal  0.447016 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0034  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0030  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 78 bp  50.1  0.00008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.249196  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0035  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  hitchhiker  0.000468595  normal  0.0532724 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0036  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0226486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0045  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.240811  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28740  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000230263  hitchhiker  0.00000000587474 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0615  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.394292  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2512  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60200  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0054  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000175558  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0030  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.237944  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>