165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_R0034 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_R0034  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.139468  normal  0.191079 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0033  tRNA-Pro  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.273821  hitchhiker  0.000950715 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0025  tRNA-Pro  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0033  tRNA-Pro  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.981305 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0020  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0053  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00100217  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0020  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00576144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0026  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0043  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.390511  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0025  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.349516 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0615  tRNA-Pro  93.85 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.394292  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0043  tRNA-Pro  93.65 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0170855  normal  0.349798 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0020  tRNA-Pro  93.65 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.951008  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0032  tRNA-Pro  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0048  tRNA-Pro  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.793007 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0032  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 74 bp  89.7  8e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0027  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  8e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0044  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  8e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0158567  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0033  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  8e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0127395 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0032  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 74 bp  89.7  8e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.601376  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09740  tRNA-Pro  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.843645 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t10  tRNA-Pro  93.22 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0829003  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0019  tRNA-Pro  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0023  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.310662  normal  0.736236 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0774  tRNA-Pro  93.22 
 
 		 79 bp  85.7  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.631  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0011  tRNA-Pro  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.11857  normal  0.0548204 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0048  tRNA-Pro  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255642  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0039  tRNA-Pro  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000294906  hitchhiker  0.000684327 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4561  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.315757  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0032  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00831776  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0030  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000286797 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0029  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0677736  normal  0.092097 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0029  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.396369  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0011  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06390  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.284201  normal  0.0452079 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15160  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00584084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0021  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0018  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0024  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.253292  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0026  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.422663  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0024  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0559967  normal  0.0473979 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23920  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.106953  normal  0.110319 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0018  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.530492  normal  0.12762 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0037  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.146864 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14020  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0035  tRNA-Pro  91.94 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0031  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0616283  decreased coverage  0.00565268 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0012  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0032  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0067  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15480  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.837894  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14021  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0033  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0281324  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0011  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.497936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0012  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0049  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.106855  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0039  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.500451  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19810  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0035  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna31  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.184408  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0097  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.96402 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0039  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000242706 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0044  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0003  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.769558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0046  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0243465 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1407  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00146012  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1470  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 79 bp  60  0.00000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.203252  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0052  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0041  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0005  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0026  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.122397  normal  0.206056 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0042  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.888445  hitchhiker  0.00955476 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0015  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0038  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0018  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161643  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0069  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0042  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.716444  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0010  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.583908 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0002  tRNA-Pro  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0067  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.912761 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0071  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000628165  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0031  tRNA-Pro  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.647879  normal  0.980358 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0075  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0814813  normal  0.0521466 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0070  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0027  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0277225 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0072  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.46213  normal  0.371186 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0044  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.408268  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0017  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309295  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.339192 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0057  tRNA-Pro  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0063  tRNA-Pro  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000000266826  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0015  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.523292  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0004  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.14749  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0034  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.199678  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0087  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0001  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.170167  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA40  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0135525  normal  0.0275356 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0011  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0076  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.77205  normal  0.0987165 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0053  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000194568  unclonable  8.89969e-24 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>