198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_R0012 on replicon NC_011369
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_R0011  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.497936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0012  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0023  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.310662  normal  0.736236 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0020  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.951008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4561  tRNA-Pro  98.25 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.315757  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.043428  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0022  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000263342  normal  0.454307 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0032  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0048  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.793007 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0039  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000242706 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0019  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0044  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0052  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0774  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 79 bp  97.6  4e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.631  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0011  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.11857  normal  0.0548204 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0048  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255642  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t10  tRNA-Pro  96.36 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0829003  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0043  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.411383 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0026  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0027  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0615  tRNA-Pro  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.394292  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0009  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.565399  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0009  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.687606  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0059  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0009  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0008  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0001  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0039  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000294906  hitchhiker  0.000684327 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0008  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0152664  normal  0.709195 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0032  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00831776  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0030  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000286797 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0029  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.396369  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0029  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0677736  normal  0.092097 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0067  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.912761 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0018  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161643  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09740  tRNA-Pro  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.843645 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0044  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.408268  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0011  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0035  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0039  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.500451  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0043  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.390511  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0043  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0170855  normal  0.349798 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0044  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0158567  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0032  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0032  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.601376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0033  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0127395 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23920  tRNA-Pro  97.44 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.106953  normal  0.110319 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0024  tRNA-Pro  97.44 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0559967  normal  0.0473979 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06390  tRNA-Pro  97.44 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.284201  normal  0.0452079 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0034  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.139468  normal  0.191079 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15160  tRNA-Pro  97.44 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00584084  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t57  tRNA-Pro  92 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0033  tRNA-Pro  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.981305 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0069  tRNA-Pro  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.648758  hitchhiker  0.00241462 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0047  tRNA-Pro  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0527952 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0033  tRNA-Pro  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00669824  normal  0.324624 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0052  tRNA-Pro  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.208712 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0053  tRNA-Pro  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00100217  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1470  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.203252  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0063  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000000266826  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0033  tRNA-Pro  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.273821  hitchhiker  0.000950715 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0051  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0030  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000324054  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1407  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00146012  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0046  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0243465 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0013  tRNA-Pro  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368769 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0049  tRNA-Pro  100 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0026  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.422663  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0021  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0018  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0024  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.253292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0049  tRNA-Pro  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0018  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.530492  normal  0.12762 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0037  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.146864 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0007  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19810  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14021  tRNA-Pro  94.87 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0025  tRNA-Pro  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.349516 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0020  tRNA-Pro  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00576144  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60200  tRNA-Pro  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0027  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0277225 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28740  tRNA-Pro  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000230263  hitchhiker  0.00000000587474 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0069  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.372254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2512  tRNA-Pro  90 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0072  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.46213  normal  0.371186 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0035  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000012695  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0020  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2606  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.834732  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0025  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0070  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0075  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0814813  normal  0.0521466 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0035  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000124879  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0041  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0647014 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0002  tRNA-Pro  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0048  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0010  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.583908 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0031  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000153307  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0031  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000674228  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15480  tRNA-Pro  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.837894  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>