295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_R0011 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_R0011  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.11857  normal  0.0548204 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0774  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  153  7e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.631  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0048  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255642  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0019  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t10  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0829003  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0615  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.394292  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0039  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000294906  hitchhiker  0.000684327 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0087  tRNA-Pro  93.59 
 
 		 78 bp  107  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0076  tRNA-Pro  93.59 
 
 		 78 bp  107  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.77205  normal  0.0987165 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0048  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.793007 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0032  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA40  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0135525  normal  0.0275356 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0012  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4561  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.315757  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0011  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.497936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0033  tRNA-Pro  92.65 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.981305 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0057  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.600099  normal  0.289188 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0030  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0641219  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0053  tRNA-Pro  94.83 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00100217  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0009  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0005  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0020  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.951008  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0025  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.349516 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0020  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0020  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00576144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0011  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0034  tRNA-Pro  93.22 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.139468  normal  0.191079 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0033  tRNA-Pro  96 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.273821  hitchhiker  0.000950715 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0067  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.912761 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0044  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.408268  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0035  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0023  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.310662  normal  0.736236 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0039  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.500451  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0026  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0029  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0677736  normal  0.092097 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0027  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0277225 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0070  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0046  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0243465 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0086  tRNA-Asn  95.56 
 
 		 84 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09740  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.843645 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0072  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.46213  normal  0.371186 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14020  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0030  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000286797 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0075  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0814813  normal  0.0521466 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0052  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0039  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000242706 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0032  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00831776  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0029  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.396369  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0044  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0025  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0031  tRNA-Pro  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.418817  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0058  tRNA-Pro  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.387879  normal  0.0550835 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0035  tRNA-Pro  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.928344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0036  tRNA-Pro  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.067402 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0028  tRNA-Pro  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0057  tRNA-Pro  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0107433  normal  0.396712 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t57  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t08  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.657243  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0027  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0047  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0527952 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0033  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0127395 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0069  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.648758  hitchhiker  0.00241462 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0052  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.208712 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0032  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.601376  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0032  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0043  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0170855  normal  0.349798 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0033  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00669824  normal  0.324624 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0044  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0158567  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06390  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.284201  normal  0.0452079 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0043  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.390511  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0768  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.28458  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0024  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0559967  normal  0.0473979 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0063  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000000266826  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0021  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23920  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.106953  normal  0.110319 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15160  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00584084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0029  tRNA-Pro  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0015  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0316324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0018  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161643  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0016  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0033  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.00710383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0037  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.146864 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2512  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0026  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.422663  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0050  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000408942  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60200  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0021  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0032  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0580782  normal  0.580774 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28740  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000230263  hitchhiker  0.00000000587474 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0057  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0018  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.530492  normal  0.12762 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0018  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0024  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.253292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0042  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.716444  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14021  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0059  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493454  normal  0.0177961 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0034  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.450402 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0037  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>