269 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_R0039 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010814  Glov_R0035  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0039  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.500451  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0039  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000242706 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0044  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0052  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0020  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.951008  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0048  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.793007 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0032  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0615  tRNA-Pro  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.394292  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0036  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0226486  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.043428  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0015  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0022  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000263342  normal  0.454307 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0005  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0026  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.122397  normal  0.206056 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0042  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.888445  hitchhiker  0.00955476 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0026  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4561  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.315757  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0048  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255642  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0011  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.11857  normal  0.0548204 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t10  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0829003  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0774  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.631  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0019  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0030  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000286797 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0029  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0677736  normal  0.092097 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0030  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.237944  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0035  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  hitchhiker  0.000468595  normal  0.0532724 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0045  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.240811  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0032  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00831776  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0029  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.396369  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0057  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt38  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt38  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0018  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161643  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0011  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.497936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0042  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.716444  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0012  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0010  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.583908 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0017  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0061005  normal  0.238616 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0038  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.714758  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0018  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.452658 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0029  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna31  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.184408  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0012  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0290089 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0033  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0127395 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09740  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.843645 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0043  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0170855  normal  0.349798 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0032  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.601376  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0031  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0616283  decreased coverage  0.00565268 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0023  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.310662  normal  0.736236 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0044  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0158567  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0032  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0032  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0025    87.84 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.717404  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0024  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0034  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.139468  normal  0.191079 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0047  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0035  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.4244  normal  0.758764 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0052  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375643  normal  0.0809617 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0044  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151219  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0039  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0435386 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0087  tRNA-Pro  90 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0076  tRNA-Pro  90 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.77205  normal  0.0987165 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0060  tRNA-Pro  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108577  normal  0.0545385 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0026  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.422663  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15160  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00584084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0037  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.146864 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06390  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.284201  normal  0.0452079 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0005  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0043  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.390511  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0021  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0018  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.530492  normal  0.12762 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23920  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.106953  normal  0.110319 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0018  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0024  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.253292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0039  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000294906  hitchhiker  0.000684327 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0024  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0559967  normal  0.0473979 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19810  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0009  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0057  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.600099  normal  0.289188 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0030  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0641219  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0053  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00100217  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0011  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0033  tRNA-Pro  91.3 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.273821  hitchhiker  0.000950715 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0027  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0033  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.981305 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0046  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0064  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0002  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0014  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000480713  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0069  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0057  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0036  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0614485  normal  0.169266 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0053  tRNA-OTHER  96.97 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.16241 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0041  tRNA-Pro  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0647014 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2606  tRNA-Pro  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.834732  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0768  tRNA-Pro  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.28458  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>