106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_R0072 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_R0070  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0072  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.46213  normal  0.371186 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0075  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0814813  normal  0.0521466 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0039  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000294906  hitchhiker  0.000684327 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0049  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.925267  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0049  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0541281  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0026  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0030  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0641219  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0057  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.600099  normal  0.289188 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0009  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0019  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0005  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0774  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.631  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0011  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.11857  normal  0.0548204 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0048  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255642  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t10  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0829003  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0067  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0057  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0076  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.77205  normal  0.0987165 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna31  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.184408  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0087  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19810  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0013  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000629989  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0615  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.394292  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0012  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0097  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.96402 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4561  tRNA-Pro  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.315757  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0011  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.497936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0032  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0580782  normal  0.580774 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0031  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0023  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.247258  normal  0.475897 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t02  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.143246  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0034  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.139468  normal  0.191079 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA40  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0135525  normal  0.0275356 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0188  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.320411  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0003  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.308325  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0025  tRNA-Pro  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0041  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0036  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00692633  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0012  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0142147 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0033  tRNA-Pro  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0281324  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15480  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.837894  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0009  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0028  tRNA-Pro  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0791712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0033  tRNA-Pro  87.76 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.273821  hitchhiker  0.000950715 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0032  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0027  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0049  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0057  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0007  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.73016 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0013  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368769 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0311688  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t037  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0018  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4313  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0105  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00814632  normal  0.0357368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0105  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111925  hitchhiker  0.000305013 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0084  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39434  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0102  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0499397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0055  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000197374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0020  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0219771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0055  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0049  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00129722  normal  0.854423 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0044  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261582 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0063  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000332377  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0018  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0533393  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0065  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0874306  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0059  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.193941 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0075  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t067  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000066415 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_667  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0198942  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0026  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00524532  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0015  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.745885  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t47  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.704703  normal  0.180848 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t57  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0022  tRNA-Pro  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.367488  normal  0.0190369 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0033  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000399427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0019  tRNA-Pro  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000286409  normal  0.184276 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0032  tRNA-Pro  85.19 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00831776  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0071  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000011229  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0063  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.870767  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0033  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00669824  normal  0.324624 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0055  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0052  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.208712 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0065  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.226717 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0039  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0047  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0527952 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0399  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00000357697  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0030  tRNA-Pro  85.19 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000286797 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0029  tRNA-Pro  85.19 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0677736  normal  0.092097 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>