298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_R0026 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_R0026  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0049  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0541281  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0049  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.925267  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0070  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0072  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.46213  normal  0.371186 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0075  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0814813  normal  0.0521466 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0017  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0061005  normal  0.238616 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0018  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.452658 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0012  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0290089 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0049  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.241293 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0001  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0207392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0063  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.305975  normal  0.0658798 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0064  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.713183  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.043428  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0067  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.750062  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0022  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000263342  normal  0.454307 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0038  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.714758  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0029  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0037  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.201404  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0066  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna31  tRNA-Pro  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.184408  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0005  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0044  tRNA-Pro  86.76 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0033  tRNA-Pro  86.76 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.216286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0031  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0616283  decreased coverage  0.00565268 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0056  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0032  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0041  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0012  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0142147 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t02  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.143246  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0004  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.14749  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0034  tRNA-Pro  86.15 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.199678  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0023  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.247258  normal  0.475897 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0003  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.308325  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0009  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0039  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000242706 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0044  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0052  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0031  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0188  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.320411  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0016  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0015  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0316324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0033  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.00710383  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0016  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.0000000335758  normal  0.0133368 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0007  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.73016 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0009  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0408974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0059  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.193941 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0311688  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4592  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0009  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0026  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00524532  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_667  tRNA-Pro  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0198942  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0018  tRNA-Pro  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0533393  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0009  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.31634  normal  0.278604 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4313  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0033  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000399427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0009  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19810  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0030  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0641219  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0057  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.600099  normal  0.289188 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0020  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0219771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0035  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0044  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261582 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0039  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.500451  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0048  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255642  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0032  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0036  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00692633  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0041  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0647014 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0013  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000629989  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0020  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0019  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0028  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0791712  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0615  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.394292  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAProVIMSS1309076  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAProVIMSS1309142  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.165714  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAProVIMSS1309195  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.0101473 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0039  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000294906  hitchhiker  0.000684327 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0057  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAProVIMSS1309152  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAProVIMSS1309349  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.521011 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2606  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.834732  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0011  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.11857  normal  0.0548204 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0774  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.631  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0031  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0028  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0029  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0047  tRNA-Pro  83.82 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0071  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000011229  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0035  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.928344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0057  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0107433  normal  0.396712 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0057  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0058  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.387879  normal  0.0550835 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0055  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>