126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_R0015 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_R0015  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.745885  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0044  tRNA-Pro  96.36 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151219  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0029  tRNA-Pro  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0069  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.372254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0028  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0035  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.928344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0031  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.418817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0036  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.067402 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0057  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0107433  normal  0.396712 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0058  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.387879  normal  0.0550835 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t33  tRNA-Pro  97.73 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.152613  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA40  tRNA-Pro  97.73 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.82087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0067  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.912761 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R40  tRNA-Pro  97.73 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.681358  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0046  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0243465 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0060  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108577  normal  0.0545385 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0044  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.408268  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t57  tRNA-Pro  95.45 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt38  tRNA-Pro  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt38  tRNA-Pro  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0033  tRNA-Pro  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00669824  normal  0.324624 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0052  tRNA-Pro  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.208712 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1407  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00146012  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1470  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.203252  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0069  tRNA-Pro  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.648758  hitchhiker  0.00241462 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0047  tRNA-Pro  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0527952 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0027  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0277225 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t037  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0027  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0105  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00814632  normal  0.0357368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0105  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111925  hitchhiker  0.000305013 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0084  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39434  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0102  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0499397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0071  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000011229  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0055  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000197374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0055  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0049  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00129722  normal  0.854423 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0063  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000332377  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0065  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0874306  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0075  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0047  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t067  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000066415 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0005  tRNA-Pro  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0026  tRNA-Pro  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.122397  normal  0.206056 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0015  tRNA-Pro  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0042  tRNA-Pro  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.888445  hitchhiker  0.00955476 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60200  tRNA-Pro  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28740  tRNA-Pro  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000230263  hitchhiker  0.00000000587474 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2512  tRNA-Pro  93.18 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0051  tRNA-Pro  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0002  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0028  tRNA-Pro  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0791712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0010  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.583908 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0108  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0042  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.716444  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0005  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0050  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000408942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0049  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.106855  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0039  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.500451  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0029  tRNA-Pro  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0035  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0010  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000124402  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0001  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.600067  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3787  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3790  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.336069  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4650  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.253318  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4652  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0301186  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0039  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0043  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0170855  normal  0.349798 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0054  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000175558  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0097  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.96402 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0009  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.687606  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0065  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00731054 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0008  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0009  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.565399  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0028  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0254215  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0009  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0029  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.334449 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0011  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.192635  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0075  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4561  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.315757  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0044  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0055  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0039  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000242706 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0052  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t10  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0829003  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0019  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0029  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0173  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.485215  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0023  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0774  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.631  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0048  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255642  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0039  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000294906  hitchhiker  0.000684327 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0070  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0011  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.497936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0072  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.46213  normal  0.371186 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0012  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0075  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0814813  normal  0.0521466 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>