232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_R0055 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009997  Sbal195_R0075  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t037  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0105  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00814632  normal  0.0357368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0105  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111925  hitchhiker  0.000305013 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0084  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39434  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0102  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0499397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0055  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000197374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0065  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0874306  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0055  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0049  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00129722  normal  0.854423 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0063  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000332377  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t067  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  151  3e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000066415 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0028  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0254215  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0071  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000476291  normal  0.709979 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0034  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0293372  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00037  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.246516  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2339  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 79 bp  93.7  6e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0754513  normal  0.044439 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2466  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 79 bp  93.7  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0126419  hitchhiker  0.000665402 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0038  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0155494  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2378  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 79 bp  93.7  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0594589  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5045  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.149336  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4677  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 79 bp  93.7  6e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.36506  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0045  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0699  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 79 bp  93.7  6e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.157721  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0056  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000765486  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3328  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 79 bp  93.7  6e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.778001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2580  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 79 bp  93.7  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0698829 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0042  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2423  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 79 bp  93.7  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.176218 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2468  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 79 bp  93.7  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.135658  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0050  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.891288  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0043  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.322484  normal  0.667641 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1627  tRNA-Pro  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100437  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4243  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.421739  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1483  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.155971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0027  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000372611  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0015  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  89.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0029  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0005  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0026  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.122397  normal  0.206056 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0042  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.888445  hitchhiker  0.00955476 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0389  tRNA-Pro  87.14 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0015  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.745885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0002  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0057  tRNA-Pro  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0004  tRNA-Pro  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000393504  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0010  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000124402  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1407  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00146012  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0044  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151219  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1470  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.203252  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0011  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.192635  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0035  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.211477  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0080  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0016  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.319335  normal  0.075677 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0029  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0032  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t57  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0069  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.648758  hitchhiker  0.00241462 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0047  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0527952 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0052  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.208712 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0033  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00669824  normal  0.324624 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1688  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0559093  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0096  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0096  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.859581  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0491  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000930823  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0493619  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0057  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0107433  normal  0.396712 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_006368  lppt38  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt38  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0035  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000101815  hitchhiker  0.00514496 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0058  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.387879  normal  0.0550835 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0038  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.714758  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0001  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0028  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0029  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0041  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0051  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0049  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.106855  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0035  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.928344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0031  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.418817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0036  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.067402 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0011  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.162478  normal  0.385967 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0060  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108577  normal  0.0545385 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0012  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0142147 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0023  tRNA-Pro  88.71 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0188  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.320411  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0050  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0042  tRNA-Pro  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.716444  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0022  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 78 bp  50.1  0.00008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.099872 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0067  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.912761 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0027  tRNA-Pro  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0018  tRNA-Pro  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161643  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0018  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0533393  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>