299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_R0004 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_R0004  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000393504  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0096  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0096  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.859581  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00062  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0002  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3912  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  117  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.303473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3956  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  117  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0473584  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3834  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  117  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0179595  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3866  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0002  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4016  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  117  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0300292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3847  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  117  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.779981  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5079  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4705  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4915  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0041  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0011  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.162478  normal  0.385967 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0188  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.320411  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0012  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0142147 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4158  tRNA-Pro  98.31 
 
 		 79 bp  109  9.000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t02  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.143246  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0003  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.308325  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0001  tRNA-Pro  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.170167  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0029  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.334449 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0011  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309277  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.203232 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0051  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0050  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0040  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0009  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.152729 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0030  tRNA-Pro  90 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.640007  normal  0.447016 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0034  tRNA-Pro  90 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0028  tRNA-Pro  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.933296  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0002  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00636416  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0041  tRNA-Pro  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0001  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0010  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0010  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0057  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0013  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000000324358  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0007  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.929508 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0006  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0014  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0856304  normal  0.963089 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0022  tRNA-Pro  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00244693  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0057  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0041  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0248017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0050  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.134805  hitchhiker  0.00793111 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0051  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0042  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0061  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.273453  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0010  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0054  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.190136  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0050  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0007  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0101042 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0052  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.330689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0058  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0023  tRNA-Pro  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.587068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0022  tRNA-Pro  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00422535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0015  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0032  tRNA-Pro  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0018  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.662018 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0066  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.880566  normal  0.0590794 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0066  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0025  tRNA-Pro  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.102908  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0009  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0060  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0005  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240002  normal  0.210746 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0015  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.11205  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0050  tRNA-Pro  95.35 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0044  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0011  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0269347  normal  0.199214 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0037  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0044  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA15  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.924702 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0057  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0050    85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.605644 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0057  tRNA-Pro  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0024  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0006  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0056  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0049  tRNA-Pro  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0408586  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0064  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000117947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3492  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3528  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.561103  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0048  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0424708  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3525  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.824024  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0005  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.3872  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0087  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13531  normal  0.263782 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0069  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0515498  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0049  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.27479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1307  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.724115  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0049  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00324423  hitchhiker  0.00377548 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>