298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E4158 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E4158  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4016  tRNA-Pro  98.73 
 
 		 79 bp  149  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0300292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3847  tRNA-Pro  98.73 
 
 		 79 bp  149  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.779981  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3912  tRNA-Pro  98.73 
 
 		 79 bp  149  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.303473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3956  tRNA-Pro  98.73 
 
 		 79 bp  149  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0473584  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3834  tRNA-Pro  98.73 
 
 		 79 bp  149  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0179595  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4705  tRNA-Pro  98.73 
 
 		 79 bp  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4915  tRNA-Pro  98.73 
 
 		 79 bp  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3866  tRNA-Pro  98.73 
 
 		 79 bp  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00062  tRNA-Pro  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0002  tRNA-Pro  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5079  tRNA-Pro  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0002  tRNA-Pro  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0096  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.859581  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0096  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0004  tRNA-Pro  98.31 
 
 		 77 bp  109  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000393504  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  98.25 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0001  tRNA-Pro  98.25 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.170167  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0029  tRNA-Pro  98.18 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.334449 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0011  tRNA-Pro  96.49 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0040  tRNA-Pro  96.36 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309277  tRNA-Pro  96.36 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.203232 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0050  tRNA-Pro  96.36 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0051  tRNA-Pro  96.36 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t02  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.143246  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0012  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0142147 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0188  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.320411  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0009  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.152729 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0041  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0034  tRNA-Pro  94.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0030  tRNA-Pro  94.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.640007  normal  0.447016 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0011  tRNA-Pro  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.162478  normal  0.385967 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0013  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000000324358  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0010  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0003  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.308325  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0057  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0007  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.929508 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0071  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000628165  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0020  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.306901  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0021  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.29162  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0022  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.281801  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0087  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000686705  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0025  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.102908  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0010  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0097  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.158212 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0098  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.266439  normal  0.536301 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0118  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0573912  normal  0.387892 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0050  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.134805  hitchhiker  0.00793111 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0061  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.273453  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0010  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0006  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0054  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.190136  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0051  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0057  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0007  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0101042 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0052  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.330689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0009  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0050  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3787  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3790  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.336069  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4650  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.253318  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4652  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0301186  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0005  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240002  normal  0.210746 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0015  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.11205  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0022  tRNA-Pro  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00244693  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0093  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0011  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0269347  normal  0.199214 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0057  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0012  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.488167  normal  0.183255 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0014  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0856304  normal  0.963089 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4322  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000374213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0027  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00246876  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0038  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000899293  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0123  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0167093  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0028  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00514358  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t098  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000663033  normal  0.0932756 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0144  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000613621  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4129  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.17442  normal  0.148505 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0058  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4214  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000749562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0103  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000727228  decreased coverage  0.000000214334 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4160  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000214401  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0046  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000453767  hitchhiker  0.0000828502 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0017  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4164  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0130  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14040  tRNA-Pro  97.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0988532 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0050  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0142  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.130336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0143  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00160739  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5235  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000789982  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4202  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.22322e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0122  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00712397  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t001  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0060  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0048  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000100606  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4263  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000112218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0141  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.122826  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0057  tRNA-Pro  97.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0528  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000899305  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>