206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_R0020 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_R0020  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.306901  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0021  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.29162  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0022  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.281801  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0087  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000686705  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0143  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00160739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0142  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00432211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0016  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0103  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000727228  decreased coverage  0.000000214334 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0017  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0046  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000453767  hitchhiker  0.0000828502 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0027  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000324929  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0122  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00712397  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0123  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0167093  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0027  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00246876  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0141  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.122826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0048  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000100606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0144  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000613621  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0028  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00514358  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0142  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.130336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0038  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000899293  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0130  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t107  tRNA-Pro  97.37 
 
 		 77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t098  tRNA-Pro  97.37 
 
 		 77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000663033  normal  0.0932756 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t001  tRNA-Pro  97.37 
 
 		 77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t024  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t097  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t098  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0022  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0023  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000214609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0117  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000471019  normal  0.0136219 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0117  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000010533  normal  0.0493795 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0134  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000115424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0135  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000102707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0022  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00394486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0023  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00847785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0114  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000342233  normal  0.573602 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0016  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000188121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0017  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000587442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0089  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000343709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0026  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000193021  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0116  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.145812  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0117  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.196066  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0131  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0021  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000217303  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0022  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00039101  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0087  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000223342  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0046  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000279997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0123  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000571932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0124  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000273434  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00062  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0002  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4016  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0300292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5079  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3912  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.303473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0097  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.158212 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0098  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.266439  normal  0.536301 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0118  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0573912  normal  0.387892 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3956  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0473584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4705  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0002  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3866  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3834  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0179595  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4915  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3847  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.779981  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4158  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t02  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.143246  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0041  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0012  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0142147 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0049  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0188  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.320411  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0016  tRNA-Pro  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504484  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0096  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.859581  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0096  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3099t  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000107843  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01261  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00489  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00487  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3101t  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000115103  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3155t  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00070  tRNA-Pro  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000213346  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0104  tRNA-Pro  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000101126  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4160  tRNA-Pro  87.14 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000214401  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0002  tRNA-Pro  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4214  tRNA-Pro  87.14 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000749562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0045  tRNA-Pro  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0152131  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4263  tRNA-Pro  87.14 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000112218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4713  tRNA-Pro  87.14 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.43285e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4164  tRNA-Pro  87.14 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231631  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4322  tRNA-Pro  87.14 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000374213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0121  tRNA-Pro  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000547539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4145  tRNA-Pro  87.14 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000725201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4295  tRNA-Pro  87.14 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0002  tRNA-Pro  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0110992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0094  tRNA-Pro  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000259411  normal  0.139544 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0006  tRNA-Pro  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000337222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4160  tRNA-Pro  87.14 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011069  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4202  tRNA-Pro  87.14 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.22322e-16  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>