298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeHA_C3956 on replicon NC_011083
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011205  SeD_A4016  tRNA-Pro  100 
 
 
79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0300292  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3956  tRNA-Pro  100 
 
 
79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0473584  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3834  tRNA-Pro  100 
 
 
79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0179595  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3912  tRNA-Pro  100 
 
 
79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.303473  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4705  tRNA-Pro  100 
 
 
79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4915  tRNA-Pro  100 
 
 
79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3866  tRNA-Pro  100 
 
 
79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3847  tRNA-Pro  100 
 
 
79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.779981  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00062  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0002  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0002  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5079  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4158  tRNA-Pro  98.73 
 
 
79 bp  149  1.0000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0096  tRNA-Pro  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0096  tRNA-Pro  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.859581  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0004  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000393504  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  113  6e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0012  tRNA-Pro  96.49 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0142147 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t02  tRNA-Pro  96.49 
 
 
74 bp  97.6  4e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.143246  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0188  tRNA-Pro  96.49 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.320411  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0041  tRNA-Pro  96.49 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0001  tRNA-Pro  96.49 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.170167  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0029  tRNA-Pro  96.36 
 
 
74 bp  93.7  6e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.334449 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0011  tRNA-Pro  94.92 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.162478  normal  0.385967 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0020  tRNA-Pro  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.306901  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0021  tRNA-Pro  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.29162  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0022  tRNA-Pro  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.281801  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0087  tRNA-Pro  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000686705  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0003  tRNA-Pro  94.74 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.308325  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0011  tRNA-Pro  94.74 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0050  tRNA-Pro  94.55 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0040  tRNA-Pro  94.55 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309277  tRNA-Pro  94.55 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.203232 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0051  tRNA-Pro  94.55 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0009  tRNA-Pro  92.98 
 
 
74 bp  81.8  0.00000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.152729 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0022  tRNA-Pro  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00244693  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0030  tRNA-Pro  92.73 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.640007  normal  0.447016 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0014  tRNA-Pro  92.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0856304  normal  0.963089 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0034  tRNA-Pro  92.73 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0013  tRNA-Pro  92.59 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000000324358  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0143  tRNA-Pro  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00160739  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t098  tRNA-Pro  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000663033  normal  0.0932756 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0007  tRNA-Pro  91.23 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.929508 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0123  tRNA-Pro  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0167093  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0103  tRNA-Pro  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000727228  decreased coverage  0.000000214334 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0046  tRNA-Pro  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000453767  hitchhiker  0.0000828502 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0010  tRNA-Pro  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0042  tRNA-Pro  91.23 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0028  tRNA-Pro  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00514358  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0016  tRNA-Pro  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0141  tRNA-Pro  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.122826  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0048  tRNA-Pro  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000100606  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0142  tRNA-Pro  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.130336  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0122  tRNA-Pro  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00712397  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0017  tRNA-Pro  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0050  tRNA-Pro  91.23 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0071  tRNA-Pro  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000628165  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t001  tRNA-Pro  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0038  tRNA-Pro  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000899293  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0130  tRNA-Pro  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0010  tRNA-Pro  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0057  tRNA-Pro  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0027  tRNA-Pro  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000324929  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0041  tRNA-Pro  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0248017  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0025  tRNA-Pro  97.56 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.102908  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0142  tRNA-Pro  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00432211  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0027  tRNA-Pro  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00246876  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0144  tRNA-Pro  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000613621  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0097  tRNA-Pro  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.158212 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0098  tRNA-Pro  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.266439  normal  0.536301 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0118  tRNA-Pro  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0573912  normal  0.387892 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0057  tRNA-Pro  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0006  tRNA-Pro  91.07 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0007  tRNA-Pro  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0101042 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0061  tRNA-Pro  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.273453  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0050  tRNA-Pro  91.07 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.134805  hitchhiker  0.00793111 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0054  tRNA-Pro  91.07 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.190136  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t107  tRNA-Pro  86.84 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0051  tRNA-Pro  91.07 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0010  tRNA-Pro  91.07 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0052  tRNA-Pro  91.07 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.330689  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0001  tRNA-Pro  89.83 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0009  tRNA-Pro  90.91 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0022  tRNA-Pro  90.74 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00422535  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0032  tRNA-Pro  90.74 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0028  tRNA-Pro  90.74 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.933296  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0006  tRNA-Pro  87.14 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0041  tRNA-Pro  90.74 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0050  tRNA-Pro  97.37 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0026  tRNA-Pro  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000193021  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0015  tRNA-Pro  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4650  tRNA-Pro  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.253318  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4652  tRNA-Pro  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0301186  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t024  tRNA-Pro  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0066  tRNA-Pro  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.880566  normal  0.0590794 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0066  tRNA-Pro  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0089  tRNA-Pro  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000343709  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>