271 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_R0087 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_R0021  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000217303  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0022  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00039101  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0087  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000223342  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0046  tRNA-Pro  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000279997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0123  tRNA-Pro  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000571932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0124  tRNA-Pro  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000273434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0143  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00160739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0038  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000899293  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0027  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00246876  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0142  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.130336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0130  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0142  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00432211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0028  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00514358  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0048  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000100606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0141  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.122826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0103  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000727228  decreased coverage  0.000000214334 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0144  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000613621  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0046  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000453767  hitchhiker  0.0000828502 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0016  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0017  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0027  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000324929  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0122  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00712397  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0123  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0167093  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t098  tRNA-Pro  97.37 
 
 		 77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000663033  normal  0.0932756 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t001  tRNA-Pro  97.37 
 
 		 77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t107  tRNA-Pro  97.37 
 
 		 77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0089  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000343709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0026  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000193021  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t024  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t097  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t098  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0117  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.196066  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0022  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0023  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000214609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0117  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000471019  normal  0.0136219 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0117  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000010533  normal  0.0493795 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0134  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000115424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0135  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000102707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0017  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000587442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0116  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.145812  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0022  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00394486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0023  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00847785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0114  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000342233  normal  0.573602 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0016  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000188121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0131  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0020  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.306901  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0021  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.29162  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0022  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.281801  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0087  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000686705  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0097  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.158212 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0098  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.266439  normal  0.536301 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0118  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0573912  normal  0.387892 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0051  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0040  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0475845  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0049  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0037  tRNA-Pro  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0016  tRNA-Pro  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504484  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0059  tRNA-Pro  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493454  normal  0.0177961 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0036  tRNA-Pro  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.211682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0022  tRNA-Pro  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0039  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.266264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0023  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.247258  normal  0.475897 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0047  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.592302  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0032  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.832737  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1702  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.535582  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0047  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.290911  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0035  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.4244  normal  0.758764 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2759  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0341238  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0001  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0039  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0052  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375643  normal  0.0809617 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0034  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.450402 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0024  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0031  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0039  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00372537  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0037  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448716  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0039  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0435386 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0590  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.532151  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1308  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.585322  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0562  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.60431  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1501  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.287153  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1531  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.47488  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0034  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.155615  normal  0.948489 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00489  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0018  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>